PDB-5n8r: Crystal Structure of Drosophilia DHX36 helicase in complex with G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n8r

タイトル

Crystal Structure of Drosophilia DHX36 helicase in complex with GAGCACTGC

要素

CG9323, isoform A
DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*C)-3')

キーワード

HYDROLASE / Helicase / DExH / ssDNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / DNA geometric change / G-quadruplex DNA binding / DNA helicase activity / G-quadruplex RNA binding / hydrolase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Chen, W.-F. / Rety, S. / Hai-Lei Guo, H.-L. / Wu, W.-Q. / Liu, N.-N. / Liu, Q.-W. / Dai, Y.-X. / Xi, X.-G.

資金援助

中国,

フランス, 3件

組織	認可番号	国
Natural Science Foundation	31370798, 11574252	中国
CNRS/ International Associated Laboratory	LIA "G quadruplex-HELI"	フランス
CNRS/ International Associated Laboratory	LIA "G quadruplex-HELI"	中国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Molecular Mechanistic Insights into Drosophila DHX36-Mediated G-Quadruplex Unfolding: A Structure-Based Model.
著者: Chen, W.F. / Rety, S. / Guo, H.L. / Dai, Y.X. / Wu, W.Q. / Liu, N.N. / Auguin, D. / Liu, Q.W. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Xi, X.G.

履歴

登録	2017年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n8r.cif.gz	724 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n8r.ent.gz	591.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n8r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n8r_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n8r_full_validation.pdf.gz	480.8 KB	表示
XML形式データ	5n8r_validation.xml.gz	67.6 KB	表示
CIF形式データ	5n8r_validation.cif.gz	98 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n8r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n8sC 5n90C 5n94C 5n96C 5n98C 5n9aC 5n9dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n9d-2 5n98-2 5n9f-2 5n9e-1 5n94-2 5n90-2 5n90-1 5n9a-1 5n9d-1 5n9f-1 5n8s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CG9323, isoform A

B: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*C)-3')

D: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*C)-3')

222 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*C)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CG9323, isoform A

D: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*C)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	300.866, 51.477, 164.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.22, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CG9323, isoform A / CG9323 / isoform B / GH12763p 分子量: 108401.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG9323, Dmel_CG9323 / プラスミド: pTwin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: Q8SWT2, EC: 3.6.1.3
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPAPGPCPAPCPTPGPC)-3') 分子量: 2740.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: single-stranded DNA / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 833 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES monohydrate-imidazole 20mM sodium formate 20mM ammonium acetate 20mM sodium citrate tribasic hydrate 20mM sodium oxamate 20mM potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→149.9 Å / Num. obs: 117031 / % possible obs: 99.26 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 35.39 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07341 / Net I/σ(I): 13.08
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.6078 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 11661 / CC_1/2: 0.738 / % possible all: 99.52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→149.9 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2186	5865	5.01 %
R_work	0.1761	-	-
obs	0.1782	117070	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→149.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13643	370	0	833	14846

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	14297
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.149	19365
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.47	8804
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	2177
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2441

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7049	-0.013	-0.2045	0.5518	-0.3344	2.0082	0.019	-0.2423	-0.0165	0.0151	0.0416	-0.0026	0.0653	-0.1727	-0.0657	0.2224	-0.0178	-0.0172	0.3022	-0.0464	0.2767	98.197	10.5355	52.7376
2	1.7384	-0.2054	0.423	0.2029	-0.2523	0.7617	0.03	-0.1083	-0.149	-0.0396	-0.0127	-0.1179	-0.0088	0.2206	-0.0151	0.2483	-0.0044	-0.0249	0.2842	-0.0396	0.3619	126.7059	9.8212	48.3889
3	0.8893	-0.1565	-0.1365	1.2344	-0.0744	1.4824	0.0554	0.0855	-0.0084	-0.152	-0.0241	-0.1349	-0.1218	0.0803	-0.0381	0.3452	-0.0175	0.0003	0.2228	-0.0269	0.2368	110.6736	14.2884	19.2649
4	0.3093	-0.093	0.394	0.4483	0.4929	1.9145	0.1706	0.1819	-0.18	-0.1442	0.0677	-0.0857	0.4025	0.723	-0.1637	0.4043	0.0873	-0.0131	0.4999	-0.0198	0.3249	63.4487	-10.1341	29.9035
5	2.4954	0.598	-0.5497	0.6063	0.4168	0.713	0.0709	-0.3706	0.3913	-0.0861	0.0207	0.1114	-0.2126	-0.0048	-0.0762	0.3218	-0.0343	0.0175	0.5391	-0.0508	0.2819	60.2021	18.4565	71.5678
6	1.0625	0.2065	-0.0333	0.9859	0.2582	1.4915	0.0141	-0.281	0.0633	-0.0808	-0.0059	0.0171	-0.1628	0.2049	-0.0011	0.2239	-0.0381	0.0379	0.2986	-0.0138	0.2387	55.5797	7.7282	58.068
7	1.1792	-0.3347	0.0098	0.8708	-0.0148	0.9527	-0.0172	-0.2758	0.0054	-0.0966	0.0195	0.2296	-0.049	-0.3101	-0.0106	0.232	0.0092	0.0094	0.3933	0.0216	0.3018	21.3473	7.6254	60.2527
8	1.6147	-1.0011	-0.1022	0.6537	0.333	0.748	0.0481	-0.1476	0.0661	-0.1714	0.0095	-0.0779	-0.0647	-0.1317	-0.0319	0.2437	-0.0001	0.0308	0.3017	0.0261	0.3034	30.8037	5.863	52.8368
9	1.1921	-0.3334	0.4122	0.8626	-0.4893	1.9643	0.0727	0.0435	0.0314	-0.1424	-0.0135	0.0527	-0.1972	-0.0546	-0.0518	0.3532	-0.011	0.043	0.1512	0.0043	0.2405	46.4154	3.0097	31.2399
10	1.3646	-0.2709	-0.4505	1.4878	0.3797	1.3917	0.1502	0.1802	-0.251	-0.1317	-0.1024	0.3051	0.2642	-0.2981	-0.039	0.4513	-0.0348	-0.055	0.2575	-0.0086	0.284	32.3188	-7.254	22.2071
11	1.9822	0.123	0.5067	0.8921	0.2598	2.0592	0.1864	0.3271	-0.1836	-0.3115	-0.0017	0.0282	0.2923	0.2557	-0.1643	0.5621	0.078	-0.0183	0.272	-0.0403	0.2639	50.651	-12.0638	13.5102
12	2.9169	0.3429	-0.8038	0.4831	-0.3923	0.9413	-0.1424	0.5485	-0.3465	-0.0521	0.0084	-0.2469	0.0116	-0.1262	0.1046	0.3103	-0.0273	-0.054	0.3558	-0.0656	0.3952	118.686	9.3955	37.0591
13	6.0442	-0.0465	0.8333	0.1538	0.0182	0.7989	-0.1451	0.3431	-0.2188	-0.239	0.0075	0.1318	0.1077	-0.0454	0.087	0.4062	-0.0045	0.0592	0.2876	0.0214	0.3956	35.5439	4.3389	40.5388

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 321 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 322 through 649 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 650 through 929 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 54 through 123 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 124 through 168 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 169 through 300 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 301 through 462 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 463 through 584 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 585 through 763 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 764 through 863 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 864 through 929 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 2 through 10 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 2 through 10 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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