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Yorodumi- PDB-2bas: Crystal Structure of the Bacillus subtilis YkuI Protein, with an ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2bas | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Bacillus subtilis YkuI Protein, with an EAL Domain. | ||||||
Components | YkuI protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / YkuI protein / EAL domain / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information YkuI, C-terminal / EAL-domain associated signalling protein domain / EAL domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 ...YkuI, C-terminal / EAL-domain associated signalling protein domain / EAL domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / PAS domain / Beta-Lactamase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.61 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Miller, D.J. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2009 Title: Crystal structures of YkuI and its complex with second messenger cyclic Di-GMP suggest catalytic mechanism of phosphodiester bond cleavage by EAL domains. Authors: Minasov, G. / Padavattan, S. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Miller, D.J. / Basle, A. / Massa, C. / Collart, F.R. / Schirmer, T. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2bas.cif.gz | 182 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2bas.ent.gz | 145.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2bas.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/2bas ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/2bas | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | Polypeptide chains A and B represent the biological assembly, which is a homo-dimer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 51266.852 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Gene: ykuI / Plasmid: pMCSG7 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21-DE3 / References: UniProt: O35014 #2: Chemical | ChemComp-BME / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2M Sodium Acetate thrihydrate, 0.1M Tris Hydrochloride, 30% PEG 4000., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 5ID-B / Wavelength: 0.97931 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Mar 19, 2003 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→25 Å / Num. all: 30096 / Num. obs: 30096 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.97 % / Biso Wilson estimate: 79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17.54 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.76 Å / Redundancy: 2.99 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 8054 / % possible all: 84.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.61→24.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 27.841 / SU ML: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL Isotropic thermal model: Atomic isotropic B-factor refinement Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 1.465 / ESU R Free: 0.375 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.693 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.61→24.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.61→2.676 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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