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- PDB-2b6p: X-ray structure of lens Aquaporin-0 (AQP0) (lens MIP) in an open ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b6p
タイトルX-ray structure of lens Aquaporin-0 (AQP0) (lens MIP) in an open pore state
要素Lens fiber major intrinsic protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / aquaporin-0 / AQP0 / lens MIP / open water pore / aquaporin
機能・相同性
機能・相同性情報


Passive transport by Aquaporins / cell adhesion mediator activity / maintenance of lens transparency / homotypic cell-cell adhesion / gap junction-mediated intercellular transport / water transport / water channel activity / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / anchoring junction ...Passive transport by Aquaporins / cell adhesion mediator activity / maintenance of lens transparency / homotypic cell-cell adhesion / gap junction-mediated intercellular transport / water transport / water channel activity / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / anchoring junction / visual perception / calmodulin binding / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Lens fiber major intrinsic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gonen, T. / Cheng, Y. / Sliz, P. / Hiroaki, Y. / Fujiyoshi, Y. / Harrison, S.C. / Walz, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: The Channel Architecture Of Aquaporin O At 2.2 Angstrom Resolution
著者: Harries, W.E.C. / Akhavan, D. / Miercke, L.J.W. / Khademi, S. / Stroud, R.M.
履歴
登録2005年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年10月26日Group: Other
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 0THIS ENTRY 2B6P REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R1YMGSF ORIGINAL DATA ...THIS ENTRY 2B6P REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R1YMGSF ORIGINAL DATA DETERMINED BY AUTHOR: W.E.C.HARRIES,D.AKHAVAN,L.J.W.MIERCKE,S.KHADEMI, R.M.STROUD.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lens fiber major intrinsic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2451
ポリマ－28,2451
非ポリマー00
水2,324129
1
A: Lens fiber major intrinsic protein

A: Lens fiber major intrinsic protein

A: Lens fiber major intrinsic protein

A: Lens fiber major intrinsic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9794
ポリマ－112,9794
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area13830 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area40440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.531, 109.531, 52.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Lens fiber major intrinsic protein / Aquaporin-0 / MIP26 / MP26


分子量: 28244.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P06624
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1YMG.
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10
詳細: 20 mM glycine, pH 10.0 30% polyethylene glycol 1K 50 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→14.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 344976.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1218 10.1 %RANDOM
Rwork0.242 ---
all-0 --
obs-12037 92.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.45 Å20 Å20 Å2
2---11.45 Å20 Å2
3---22.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1982 0 0 129 2111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d0.9
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 185 10.5 %
Rwork0.265 1581 -
obs--84.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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