+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6m0q | ||||||
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Title | Hydroxylamine oxidoreductase from Nitrosomonas europaea | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / apo-form | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Nitrosomonas europaea (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.99 Å | ||||||
Authors | Fujiwara, T. / Fujimoto, Z. / Nishigaya, Y. / Yamazaki, T. | ||||||
Citation | Journal: Appl.Environ.Microbiol. / Year: 2023 Title: Juglone, a plant-derived 1,4-naphthoquinone, binds to hydroxylamine oxidoreductase and inhibits the electron transfer to cytochrome c 554. Authors: Akutsu, Y. / Fujiwara, T. / Suzuki, R. / Nishigaya, Y. / Yamazaki, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6m0q.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6m0q.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6m0q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6m0q_validation.pdf.gz | 17 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6m0q_full_validation.pdf.gz | 16.9 MB | Display | |
Data in XML | 6m0q_validation.xml.gz | 160.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6m0q_validation.cif.gz | 223.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0q | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6m0pC 4n4nS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 12 molecules ACEGIKBDFHJL
#1: Protein | Mass: 64353.805 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Nitrosomonas europaea (bacteria) / References: UniProt: A0A1I0F3S0 #2: Protein | Mass: 9688.102 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Nitrosomonas europaea (bacteria) / References: UniProt: A0A1H9ZKV8 |
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-Non-polymers , 6 types, 2567 molecules
#3: Chemical | ChemComp-HEC / #4: Chemical | ChemComp-ISW / { #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Chemical | ChemComp-PGE / #7: Chemical | ChemComp-PG4 / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.3 / Details: MES-NaOH, PEG 400, potassium nitrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NE3A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 6, 2018 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.99→48.73 Å / Num. obs: 567408 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 27.15 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.214 / Net I/σ(I): 8.38 |
Reflection shell | Resolution: 1.99→2.11 Å / Num. unique obs: 91130 / CC1/2: 0.544 / Rrim(I) all: 1.49 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4N4N Resolution: 1.99→46.18 Å / SU ML: 0.2303 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.05 / Phase error: 20.6059
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.99→46.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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