PDB-6m0p: Hydroxylamine oxidoreductase in complex with juglone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m0p

タイトル

Hydroxylamine oxidoreductase in complex with juglone

要素

Aerobic hydroxylamine oxidoreductase
Uncharacterized protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / enhancer / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nitrosomonas europaea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Fujiwara, T. / Fujimoto, Z. / Nishigaya, Y. / Yamazaki, T.

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2023
タイトル: Juglone, a plant-derived 1,4-naphthoquinone, binds to hydroxylamine oxidoreductase and inhibits the electron transfer to cytochrome c 554.
著者: Akutsu, Y. / Fujiwara, T. / Suzuki, R. / Nishigaya, Y. / Yamazaki, T.

履歴

登録	2020年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6m0p.ent.gz	596.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6m0p_validation.pdf.gz	8.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m0p_full_validation.pdf.gz	8.8 MB	表示
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CIF形式データ	6m0p_validation.cif.gz	86.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6m0qC 4n4nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n4o-d 4n4n-d 6m0q-1 6m0q-2 4fas-d 6vbn-d 5l6v-3 1zee-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (3)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
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シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
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タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

B: Uncharacterized protein

C: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

D: Uncharacterized protein

E: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

238 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.340, 141.070, 106.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
1	2
2	2
3	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'A'	A	A	25 - 526	25 - 526
2	2	1	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'C'	C	C	25 - 526	25 - 526
3	3	1	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'E'	E	E	25 - 526	25 - 526
1	4	2	SER	SER	SER	SER	(chain 'B' and resid 29 through 83)	B	B	29 - 83	29 - 83
2	5	2	SER	SER	SER	SER	(chain 'D' and resid 29 through 83)	D	D	29 - 83	29 - 83
3	6	2	SER	SER	SER	SER	(chain 'F' and resid 29 through 83)	F	F	29 - 83	29 - 83

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質	Aerobic hydroxylamine oxidoreductase / hydroxylamine oxidoreductase 分子量: 64353.805 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nitrosomonas europaea (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1I0F3S0
#2: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 9688.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nitrosomonas europaea (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1H9ZKV8

-
非ポリマー , 6種, 145分子

#3: 化合物	... ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-ISW / {3,3'-[(9S)-8,13-diethenyl-3,7,12,17-tetramethyl-9,10-dihydroporphyrin-2,18-diyl-kappa~4~N~21~,N~22~,N~23~,N~24~]dipropanoato(2-)}iron / Isoporphyrin containing Fe 分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-JUG / 5-hydroxynaphthalene-1,4-dione / Juglone / ジュグロン分子量: 174.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: MES-NaOH, PEG 400, potassium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→47.03 Å / Num. obs: 101458 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 46.59 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_rim(I) all: 0.394 / Net I/σ(I): 6.74
反射シェル	解像度: 2.78→2.95 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 16383 / CC_1/2: 0.622 / R_rim(I) all: 1.98 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1-3660	位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4N4N

4n4n

解像度: 2.78→46.77 Å / SU ML: 0.4759 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 32.6767
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2924	5090	5.02 %	Random selection
R_work	0.2556	96311	-	-
obs	0.2575	101401	99.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.78→46.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13300	0	1107	114	14521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	14890
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0177	20482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0373	1940
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	2561
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5053	5366

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.78-2.81	0.4013	181	0.3906	3180	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.81-2.85	0.4428	157	0.3788	3243	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.85-2.88	0.4067	181	0.3604	3191	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.88-2.92	0.3788	161	0.356	3218	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.92-2.96	0.3439	163	0.3426	3220	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.96-3	0.3518	168	0.3323	3234	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3-3.04	0.3887	189	0.3352	3168	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.04-3.08	0.3779	161	0.328	3202	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.08-3.13	0.3908	165	0.3231	3207	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.13-3.18	0.351	176	0.3073	3196	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.18-3.24	0.3077	176	0.3068	3216	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.24-3.3	0.3404	165	0.3077	3225	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.3-3.36	0.3242	159	0.2989	3220	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.36-3.43	0.3172	163	0.2935	3224	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.43-3.5	0.3154	177	0.2875	3197	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.5-3.59	0.3579	181	0.2786	3183	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.59-3.67	0.3377	159	0.281	3237	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.68-3.77	0.2924	167	0.2641	3213	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.77-3.89	0.2885	182	0.2607	3205	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.89-4.01	0.3205	162	0.2555	3206	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.01-4.15	0.2547	171	0.2307	3207	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-4.32	0.23	160	0.2229	3221	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.52	0.2477	171	0.2136	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
4.52-4.75	0.2933	176	0.2083	3200	X-RAY DIFFRACTION	100
4.75-5.05	0.2169	166	0.2002	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
5.05-5.44	0.2663	176	0.2087	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
5.44-5.99	0.2826	174	0.2223	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
5.99-6.85	0.2386	162	0.2123	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
6.85-8.62	0.217	172	0.1768	3209	X-RAY DIFFRACTION	100
8.63-46.77	0.1917	169	0.1913	3209	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.489205696826	-0.0447360624314	0.141106021443	0.582106410422	0.2649651119	0.595642858098	-0.0606492559089	-0.84086548732	0.56788368436	0.034793941913	-0.0749351813608	0.274320301189	-0.124246112296	0.013781494485	0.118400109221	0.408653644369	0.177809297077	-0.0867056172127	0.774406924095	-0.386835422944	0.826479189494	-60.3475954613	49.8918954706	-19.9781202859
2	0.303149270588	-0.0272350823596	0.10812296221	0.188480614504	0.224973917569	0.366500389531	0.0292334818226	-0.753042938555	0.400446618848	0.187341292076	-0.187475502903	0.265803553768	-0.167127907677	-0.167427264835	0.179178974175	0.566187377819	0.0896675805999	-0.00758520651314	1.12326061584	-0.668342387668	0.952085756972	-57.0606942588	53.1525989505	-11.7271024074
3	0.740990457879	0.407019148221	0.40093249686	0.5104222318	0.140019287263	0.239606628677	0.0661500046322	-0.377757883202	0.311049642884	-0.0926350591607	-0.0469249849397	0.200169482989	-0.142193516249	-0.186733483152	0.0315336301655	0.398831594321	0.075813308649	-0.0159611609431	0.506177436583	-0.260007896086	0.487639831936	-41.5996952338	46.5667951731	-23.3550018372
4	0.986736957444	0.118822954488	0.165010395589	0.409306257373	0.144565084197	0.0674533165197	-0.0350333674129	-0.396372781005	0.863270672601	-0.235313497636	-0.0516494085393	0.175072667061	-0.198724282749	-0.0582235618075	-0.0387477549578	0.463146674415	0.0921924477827	-0.100358547752	0.258696877136	-0.375757365618	0.641679340032	-30.311479926	56.5627664999	-33.650502406
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6	0.0597707636183	0.0334397389161	-0.0910317950089	0.0904678083999	-0.103831358349	0.277503236634	0.061873757771	-0.317250308611	-0.303845639108	0.0865739327412	-0.172475362869	-0.142936103443	0.330696515562	0.0803941767386	-0.0536810163343	0.579438347001	-0.0979534888246	0.0288339248409	0.814694700498	0.766232245165	1.16419658596	-23.649396174	6.08151509523	-16.6653708283
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15	1.43037746126	-0.818600506549	-0.173581904114	2.9768668398	-0.0316656373563	3.19063365604	0.0766676844242	-0.131352047736	-0.167989455057	0.241628903294	-0.0204781932768	-0.785626448223	0.0259237304454	0.506463200787	-0.0727381749384	0.613816851732	0.0946237477806	0.304016285167	0.372042281269	0.151033477116	1.17610312603	2.92850372851	19.8906064177	-38.289096018

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 120 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 121 through 236 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 237 through 309 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 310 through 527 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 29 through 84 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 25 through 120 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 121 through 236 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 237 through 309 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 310 through 527 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 28 through 83 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 25 through 120 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 121 through 236 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 237 through 309 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 310 through 527 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 28 through 83 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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