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万見
- PDB-1ymg: The Channel Architecture of Aquaporin O at 2.2 Angstrom Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ymg
タイトルThe Channel Architecture of Aquaporin O at 2.2 Angstrom Resolution
要素Lens fiber major intrinsic protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / AQP0 / Integral Membrane Protein / MIP26 / Lens / Cataract / Water Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Passive transport by Aquaporins / cell adhesion mediator activity / maintenance of lens transparency / homotypic cell-cell adhesion / gap junction-mediated intercellular transport / water transport / water channel activity / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / anchoring junction ...Passive transport by Aquaporins / cell adhesion mediator activity / maintenance of lens transparency / homotypic cell-cell adhesion / gap junction-mediated intercellular transport / water transport / water channel activity / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / anchoring junction / visual perception / calmodulin binding / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Lens fiber major intrinsic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Harries, W.E.C. / Akhavan, D. / Miercke, L.J.W. / Khademi, S. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: The Channel Architecture of Aquaporin 0 at a 2.2-A Resolution
著者: Harries, W.E.C. / Akhavan, D. / Miercke, L.J.W. / Khademi, S. / Stroud, R.M.
履歴
登録2005年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年2月8日ID: 1TM8
改定 1.02005年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Structure summary
改定 1.42012年6月20日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.occupancy / _chem_comp.mon_nstd_flag ..._atom_site.occupancy / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lens fiber major intrinsic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8583
ポリマ－28,2451
非ポリマー6132
水3,279182
1
A: Lens fiber major intrinsic protein
ヘテロ分子

A: Lens fiber major intrinsic protein
ヘテロ分子

A: Lens fiber major intrinsic protein
ヘテロ分子

A: Lens fiber major intrinsic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,43112
ポリマ－112,9794
非ポリマー2,4518
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area17800 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area30250 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.531, 110.531, 53.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-524-

HOH

21A-579-

HOH

詳細The monomers arrange into a tetramer generated from the monomer by the operations: -x,-y,z: 1/2-y, 1/2: 1/2+y,1/2

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要素

#1: タンパク質 Lens fiber major intrinsic protein / MIP26 / MP26 / AQP0


分子量: 28244.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ocular lens fiber cell plasma membrane / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Cell: FIBER / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 器官: EYE / 組織: LENS / 参照: UniProt: P06624
#2: 糖 ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10
詳細: 30% polyethylene glycol 1000, 20 mM glycine, 50 mM NaCl, pH 10.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.115871
21.115871
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 16385 / Num. obs: 16284 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 27.96
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J4N

1j4n


解像度: 2.24→25.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 328368.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 1468 10 %RANDOM
Rwork0.24 ---
all0.246 16284 --
obs0.24 14682 89.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 93.2556 Å2 / ksol: 0.327246 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.66 Å20 Å20 Å2
2---11.66 Å20 Å2
3---23.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→25.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1761 0 42 182 1985
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 117 8.4 %
Rwork0.379 1272 -
obs--49.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3BNG.PARAMBNG.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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