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- PDB-2b4j: Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b4j
タイトルStructural basis for the recognition between HIV-1 integrase and LEDGF/p75
要素
  • Integrase (IN)
  • PC4 and SFRS1 interacting protein
キーワードviral protein / recombination / HIV / integration / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / heterochromatin ...supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / heterochromatin / nuclear periphery / HIV-1 retropepsin / euchromatin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / response to heat / viral nucleocapsid / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / response to oxidative stress / DNA-directed DNA polymerase / transcription coactivator activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / chromatin remodeling / symbiont entry into host cell / lipid binding / chromatin binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / TFIIS/LEDGF domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain ...Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / TFIIS/LEDGF domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / PC4 and SFRS1-interacting protein / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Cherepanov, P. / Ambrosio, A.L. / Rahman, S. / Ellenberger, T. / Engelman, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and transcriptional coactivator p75
著者: Cherepanov, P. / Ambrosio, A.L. / Rahman, S. / Ellenberger, T. / Engelman, A.
履歴
登録2005年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase (IN)
B: Integrase (IN)
C: PC4 and SFRS1 interacting protein
D: PC4 and SFRS1 interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,52410
ポリマ－58,9664
非ポリマー5586
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
2
A: Integrase (IN)
B: Integrase (IN)
C: PC4 and SFRS1 interacting protein
D: PC4 and SFRS1 interacting protein
ヘテロ分子

A: Integrase (IN)
B: Integrase (IN)
C: PC4 and SFRS1 interacting protein
D: PC4 and SFRS1 interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,04820
ポリマ－117,9328
非ポリマー1,11712
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area13640 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area40360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.421, 60.593, 71.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Integrase (IN)


分子量: 18194.760 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV-1 integrase / 変異: F185K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 遺伝子: POL / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12497
#2: タンパク質 PC4 and SFRS1 interacting protein / Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52 / Dense fine speckles ...Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52 / Dense fine speckles 70 kDa protein / DFS 70 / CLL-associated antigen KW-7


分子量: 11288.199 Da / 分子数: 2 / 断片: LEDGF / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, LEDGF / プラスミド: pCPGST75-81 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O75475
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: PEG-3350, Na2HPO4, NaH2PO4, KH2PO4, NACL, HEPES, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. all: 32648 / Num. obs: 32136 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 3.1 / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.041 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. measured obs: 3189 / Χ2: 1.007 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
CBASSデータ収集
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1BIS (Integrase), 1Z9E (LEDGF)

1bis

1z9e


解像度: 2.02→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 8.106 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1627 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.183 30406 --
obs0.183 32113 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.386 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å21.3 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3503 0 34 220 3757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.9524819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5245437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6925.033151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.92215693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5381517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22521
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2370.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9811.52295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.623564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.77831487
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3614.51255
LS精密化 シェル解像度: 2.021→2.073 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 124 -
Rwork0.214 2223 -
all-2347 -
obs--98.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4292-0.5959-1.02571.74120.39171.82380.21540.34570.5314-0.0421-0.0868-0.0325-0.1932-0.0167-0.1286-0.06550.01260.0322-0.07160.0744-0.04690.8516-0.4794-21.0989
24.1647-0.3954-1.30460.9899-0.07161.6376-0.07120.3343-0.39680.0429-0.03660.23310.0937-0.25250.1078-0.0695-0.01030.0048-0.0585-0.0501-0.0106-13.536-12.9638-15.861
32.28330.56980.36085.12921.56672.5546-0.21460.16980.011-0.40250.17930.2188-0.0725-0.04910.0353-0.1407-0.0269-0.0106-0.1154-0.0025-0.1097-25.320519.5794-4.2029
42.6236-1.4640.5096.3798-3.1633.92440.13390.3782-0.1065-0.9928-0.126-0.04260.47440.0114-0.0079-0.03280.0122-0.0248-0.02830.0133-0.141618.1455-31.5844-18.216
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA56 - 20810 - 162
22BB57 - 20811 - 162
33CC345 - 4261 - 82
44DD345 - 4261 - 82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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