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万見
- PDB-2b1j: Crystal Structure of Unphosphorylated CheY Bound to the N-Terminu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b1j
タイトルCrystal Structure of Unphosphorylated CheY Bound to the N-Terminus of FliM
要素
  • Chemotaxis protein cheY
  • Flagellar motor switch protein fliM
キーワードSIGNALING PROTEIN / CHEY / FLIM / (BETA/ALPHA)5 / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / regulation of chemotaxis / thermotaxis / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / regulation of chemotaxis / thermotaxis / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum / phosphorelay response regulator activity / positive chemotaxis / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / cytoskeletal motor activity / chemotaxis / magnesium ion binding / signal transduction / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliM / CheC-like superfamily / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / : / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliM / CheC-like superfamily / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / : / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar motor switch protein FliM / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dyer, C.M. / Dahlquist, F.W.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: Switched or Not?: the Structure of Unphosphorylated CheY Bound to the N Terminus of FliM.
著者: Dyer, C.M. / Dahlquist, F.W.
履歴
登録2005年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein cheY
B: Chemotaxis protein cheY
C: Flagellar motor switch protein fliM
D: Flagellar motor switch protein fliM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3916
ポリマ－31,3424
非ポリマー492
水2,594144
1
A: Chemotaxis protein cheY
C: Flagellar motor switch protein fliM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6953
ポリマ－15,6712
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6950 Å2
手法PISA
2
B: Chemotaxis protein cheY
D: Flagellar motor switch protein fliM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6953
ポリマ－15,6712
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.040, 62.160, 54.223
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein cheY


分子量: 13981.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cheY / プラスミド: pCW / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / キーワード: CHEY_ECOLI / 参照: UniProt: P0AE67
#2: タンパク質・ペプチド Flagellar motor switch protein fliM


分子量: 1689.884 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-Terminus / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Prepared using solid-state synthesis / 参照: UniProt: P06974
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 6000, magnesium chloride, MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月24日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40.7 Å / Num. all: 10451 / Num. obs: 10174 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3CHY

3chy


解像度: 2.4→40.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 630184.812 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Sigma cuttoffs used in refinement were set sufficiently wide that no reflections were excluded.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 971 9.5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.187 10451 --
obs0.187 10174 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 75.435 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.84 Å20 Å20.74 Å2
2--1.95 Å20 Å2
3----12.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2252 0 2 144 2398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.852
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.453
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.244.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.526
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 85 8.5 %
Rwork0.259 913 -
all-998 -
obs-998 96 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.topprotein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.topwater.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.topion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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