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- PDB-2ayb: Crystal structure of HPV6a E2 DNA Binding Domain bound to a 16 ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ayb
タイトルCrystal structure of HPV6a E2 DNA Binding Domain bound to a 16 base pair DNA target
要素
  • 5'-D(*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*G)-3'
  • Regulatory protein E2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Protein-DNA complex / double helix / beta barrel / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / regulation of DNA replication / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain ...Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Regulatory protein E2
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 6a (パピローマウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hooley, E. / Brady, R.L. / Gaston, K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: The recognition of local DNA conformation by the human papillomavirus type 6 E2 protein.
著者: Hooley, E. / Fairweather, V. / Clarke, A.R. / Gaston, K. / Brady, R.L.
履歴
登録2005年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*G)-3'
A: Regulatory protein E2
B: Regulatory protein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2784
ポリマ－30,2784
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.247, 75.247, 97.426
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 283 - 364 / Label seq-ID: 3 - 85

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AC
2BD
詳細The biological assembly is a protein dimer bound to double stranded DNA

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*G)-3'


分子量: 4898.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Regulatory protein E2


分子量: 10240.854 Da / 分子数: 2 / Fragment: C Terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 6a (パピローマウイルス)
属: Alphapapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 6 / 遺伝子: E2 / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Xl1-blue / 参照: UniProt: Q84294
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: tri-Sodium citrate dihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1tri-Sodium citrate dihydrate11
2H2O11
3tri-Sodium citrate dihydrate12
4H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.548 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.548 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→65.23 Å / Num. all: 5168 / Num. obs: 4928 / % possible obs: 99.37 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 362 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Protein of PDB entry 1R8H DNA of PDB entry 1JJ4

1r8h

1jj4


解像度: 3.2→65.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / SU B: 33.517 / SU ML: 0.402 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.632 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 240 4.6 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.194 4928 --
obs0.259 4928 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2 Å21.1 Å20 Å2
2--2.2 Å20 Å2
3----3.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→65.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1444 650 0 12 2106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1482.3033138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0675172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.31822.28670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.96615258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6881510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.250.21024
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.21414
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5521.5891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0221430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.02131696
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7424.51708
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 693 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

RmsタイプWeight
0.02TIGHT POSITIONAL0.05
0.03TIGHT THERMAL0.5
LS精密化 シェル解像度: 3.204→3.287 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 16 -
Rwork0.266 362 -
obs--98.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0086-0.31970.19512.4985-0.1692.7172-0.15160.2636-0.2337-0.14940.15380.04330.33870.0745-0.00220.0067-0.06720.08080.0851-0.0142-0.0595-13.60718.0505-14.8703
22.4077-0.5251-0.27871.79720.23563.20640.086-0.2957-0.0930.0453-0.1333-0.22170.19750.25420.04730.0014-0.07330.02640.07050.0793-0.0412-8.845420.8863.3446
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 281 - 366 / Label seq-ID: 1 - 87

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11BD
22AC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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