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- PDB-2aus: Crystal structure of the archaeal box H/ACA sRNP Nop10-Cbf5 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aus
タイトルCrystal structure of the archaeal box H/ACA sRNP Nop10-Cbf5 complex
要素
  • Ribosome biogenesis protein Nop10
  • pseudouridine synthase
キーワードISOMERASE/STRUCTURAL PROTEIN / ISOMERASE / STRUCTURAL PROTEIN / ISOMERASE-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine(55) synthase activity / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / snoRNA binding / rRNA processing ...tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine(55) synthase activity / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / snoRNA binding / rRNA processing / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B, archaeal / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit Nop10 , archaeal-type / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily ...H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B, archaeal / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit Nop10 , archaeal-type / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / PUA domain / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / PUA-like superfamily / Single Sheet / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ribosome biogenesis protein Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Charron, C. / Manival, X. / Charpentier, B. / Fourmann, J.-B. / Godard, F. / Branlant, C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure determination and site-directed mutagenesis of the Pyrococcus abyssi aCBF5-aNOP10 complex reveal crucial roles of the C-terminal domains of both proteins in H/ACA sRNP activity
著者: Manival, X. / Charron, C. / Fourmann, J.B. / Godard, F. / Charpentier, B. / Branlant, C.
履歴
登録2005年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: pseudouridine synthase
D: Ribosome biogenesis protein Nop10
A: pseudouridine synthase
B: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,56111
ポリマ－89,9564
非ポリマー6067
水4,504250
1
C: pseudouridine synthase
D: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子

C: pseudouridine synthase
D: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,46610
ポリマ－89,9564
非ポリマー5116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
手法PQS
2
A: pseudouridine synthase
B: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3286
ポリマ－44,9782
非ポリマー3504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area32860 Å2
手法PISA
3
C: pseudouridine synthase
D: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2335
ポリマ－44,9782
非ポリマー2553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
4
A: pseudouridine synthase
B: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3286
ポリマ－44,9782
非ポリマー3504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17330 Å2
手法PISA
5
A: pseudouridine synthase
B: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子

A: pseudouridine synthase
B: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,65612
ポリマ－89,9564
非ポリマー7018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)136.430, 136.820, 59.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the heterodimer in the asymmetric unit by the operation: -x, -y, z.

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要素

#1: タンパク質 pseudouridine synthase / Probable tRNA pseudouridine synthase B / Cbf5 / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / ...Probable tRNA pseudouridine synthase B / Cbf5 / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / tRNA-uridine isomerase / tRNA pseudouridylate synthase


分子量: 37792.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / プラスミド: pGex-6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9V1A5, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: タンパク質 Ribosome biogenesis protein Nop10 / Nop10


分子量: 7185.565 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / プラスミド: pGex-6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V0E3
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: potassium phosphate, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9686
シンクロトロンESRF BM1420.9777
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2004年9月25日
MARRESEARCH2CCD2005年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96861
20.97771
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 65534 / Num. obs: 65534 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.068
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.252 3334 random
Rwork0.224 --
all0.225 65534 -
obs0.225 65534 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5776 0 27 250 6053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.49148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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