PDB-2au3: Crystal Structure of the Aquifex aeolicus primase (Zinc Binding a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2au3

タイトル

Crystal Structure of the Aquifex aeolicus primase (Zinc Binding and RNA Polymerase Domains)

要素

DNA primase

キーワード

TRANSFERASE / Zinc Ribbon / TOPRIM / RNA POLYMERASE / DNA REPLICATION

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA primase DnaG / primosome complex / : / DNA replication, synthesis of primer / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Corn, J.E. / Pease, P.J. / Hura, G.L. / Berger, J.M.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Crosstalk between primase subunits can act to regulate primer synthesis in trans.
著者: Corn, J.E. / Pease, P.J. / Hura, G.L. / Berger, J.M.

履歴

登録	2005年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2au3.cif.gz	96.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2au3.ent.gz	73.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2au3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2au3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2au3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6yjz-1 2z0i-d 6k38-1 4z8l-2 1e51-d 4z8l-1 4g8x-d 5c2z-d 1qpr-3 3wjq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (14) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DNA primase

ヘテロ分子

46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.222, 66.403, 138.157
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA primase 分子量: 46691.512 Da / 分子数: 1 断片: Zinc Binding and RNA Polymerase Domains (residues 1-405) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: dnaG / プラスミド: modified pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon+ 参照: UniProt: O67465, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 18-22% EtOH, 55 mM HEPES, 100 mM NaCl, pH 7.5, Microbatch, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月1日
放射	モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40 Å / Num. all: 27417 / Num. obs: 25989 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.45 % / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2547 / R_sym value: 0.286 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Low-resolution Aquifex aeolicus DnaG from Tm-soak MAD

解像度: 2→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 4.516 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23826	1377	5 %	RANDOM
R_work	0.20304	-	-	-
all	0.20488	25989	-	-
obs	0.20488	25989	98.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3260	0	1	169	3430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.223	1.99	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.75	5	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.068	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.155	1.5	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.055	2	3233
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.886	3	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.957	4.5	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.241	91
R_work	0.232	1757

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0006	0.2505	-0.0084	1.3416	0.6447	1.5253	-0.0194	-0.154	-0.0389	-0.0937	0.0274	0.0512	0.1004	0.0539	-0.008	0.0503	0.0259	0.0107	0.1818	0.0342	0.0952	24.5771	12.434	28.9399
2	0.2697	0.1028	-0.0033	0.327	-0.2714	0.8577	-0.0195	-0.0896	0.0575	-0.0307	0.01	0.0362	-0.0201	-0.0522	0.0095	0.0944	0.0101	-0.0026	0.1077	-0.0102	0.1115	7.6993	26.7427	15.1694
3	1.6118	1.0976	0.651	4.1591	-0.8615	3.7114	-0.1671	0.0955	0.1175	-0.3915	0.2041	0.0241	-0.1322	0.0057	-0.037	0.1444	-0.0549	0.0034	0.0421	0.044	0.0969	14.3014	50.348	-10.7957
4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.1246	0	0	0.1246	0	0.1246	14.6418	6.3962	22.3416
5	0.3396	0.1334	0.0432	0.0251	-0.0483	0.3366	-0.0099	-0.0559	0.0294	-0.0655	0.0244	0.0104	0.0113	0.0547	-0.0145	0.1156	0.0251	-0.0017	0.0995	-0.0102	0.1167	12.842	27.5988	13.5854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 94	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	98 - 347	100 - 349
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	349 - 402	351 - 404
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	B	501
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	C	502 - 670

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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