PDB-5c2z: Molecular insights into the specificity of exfoliative toxins fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c2z

タイトル

Molecular insights into the specificity of exfoliative toxins from Staphylococcus aureus

要素

Exfoliative toxin D2

キーワード

TOXIN / esfoliative toxin / Staphylococcus aureus / ETD

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9553 Å

データ登録者

Mariutti, R.B. / Souza, T.A.C.B. / Ullah, A. / Zanphorlin, L.M. / Murakami, M.T. / Arni, R.K.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of Staphylococcus aureus exfoliative toxin D-like protein: Structural basis for the high specificity of exfoliative toxins.
著者: Mariutti, R.B. / Souza, T.A. / Ullah, A. / Caruso, I.P. / de Moraes, F.R. / Zanphorlin, L.M. / Tartaglia, N.R. / Seyffert, N. / Azevedo, V.A. / Le Loir, Y. / Murakami, M.T. / Arni, R.K.

履歴

登録	2015年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence ...citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c2z.cif.gz	211.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c2z.ent.gz	168.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c2z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c2z_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c2z_full_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示
XML形式データ	5c2z_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	5c2z_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2rto-d 2rte-d 3s3r-1 2rtp-d 2rtq-d 5ogr-1 2rtg-d 2izg-d 2ize-d 2izl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exfoliative toxin D2

B: Exfoliative toxin D2

56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Exfoliative toxin D2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Exfoliative toxin D2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.412, 93.141, 50.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Monomer confirmed by analytical ultracentrifugation

#1: タンパク質	Exfoliative toxin D2 分子量: 28149.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: etD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: L0RUV7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5 30% 2-Propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→35.7 Å / Num. obs: 31792 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 6.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9553→35.687 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2525	1616	5.08 %
R_work	0.1771	-	-
obs	0.1809	31781	96.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9553→35.687 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3841	0	0	364	4205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3924
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.071	5309
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.609	1457
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	592
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	692

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9553-2.0128	0.3486	113	0.2522	2187	X-RAY DIFFRACTION	85
2.0128-2.0778	0.3	137	0.2236	2398	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0778-2.152	0.3057	161	0.2081	2488	X-RAY DIFFRACTION	97
2.152-2.2382	0.3036	141	0.1972	2547	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2382-2.34	0.2862	127	0.1934	2546	X-RAY DIFFRACTION	97
2.34-2.4634	0.3149	130	0.1929	2540	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4634-2.6177	0.2738	129	0.1908	2555	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6177-2.8197	0.2672	126	0.188	2583	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8197-3.1033	0.2681	150	0.1835	2566	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1033-3.552	0.238	133	0.1694	2575	X-RAY DIFFRACTION	98
3.552-4.4738	0.209	127	0.1467	2577	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4738-35.6926	0.2074	142	0.1598	2603	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8125	-1.558	0.0316	3.6519	-0.4644	0.4084	0.518	0.1284	-0.2683	-0.1422	-0.4409	-0.5347	-0	0.0686	-0.0454	0.3118	0.0336	-0.1232	0.3529	0.0022	0.514	11.0553	-16.8989	-12.5657
2	3.4448	0.4203	0.1266	3.8079	2.097	5.7272	-0.1401	0.1075	0.2159	-0.1065	0.2009	-0.5224	-0.2808	0.3256	0.0276	0.1979	-0.0096	0.0522	0.1279	-0.0053	0.2448	6.6541	-15.1726	-34.8077
3	3.1862	-0.9302	0.214	3.4888	0.7988	2.2382	0.0402	-0.2946	-0.0251	0.0272	-0.1008	0.3195	-0.1809	-0.6202	-0.0499	0.1957	0.034	-0.0146	0.2854	0.008	0.1672	-12.2889	-22.4794	-31.1558
4	2.7299	-1.1698	0.2775	1.6431	0.4333	2.0491	0.0232	0.0959	0.0878	-0.3746	-0.0016	0.0438	-0.0875	-0.346	-0.0275	0.1792	0.0294	-0.0331	0.2395	0.0022	0.1443	-11.4142	-18.0951	-39.9907
5	1.6403	0.3992	0.7004	2.2475	0.545	2.7369	-0.0074	-0.1883	0.0241	-0.0148	-0.0316	-0.1738	-0.0158	-0.2409	0.0324	0.1447	0.0354	0.0186	0.1701	-0.0006	0.1878	-1.3822	-24.7292	-27.7077
6	4.7722	0.7552	-0.0051	3.91	-1.2302	2.7613	-0.2246	-0.0865	-0.2147	-0.19	0.0071	0.1617	0.9633	-0.4905	0.1739	0.3136	-0.0638	0.0399	0.2472	0.0087	0.2156	-8.1962	-40.4446	-26.0912
7	2.4189	-0.8728	-1.9531	1.0421	0.3893	1.8756	0.214	-0.1177	0.447	0.0611	-0.0101	-0.1128	-0.165	-0.0718	-0.1417	0.2292	0.0073	0.0111	0.1944	-0.0089	0.2374	-22.8765	6.3609	0.7241
8	2.6231	0.1809	-0.6706	1.5227	0.0391	0.7855	0.1858	0.245	-0.0738	-0.2657	-0.0842	-0.0216	-0.0792	-0.0799	-0.0815	0.2193	0.057	0.0017	0.1742	0.02	0.1577	-14.6561	-1.4468	-15.412
9	3.2142	-1.5365	-1.0364	1.7393	0.4211	1.7486	0.0853	-0.1487	0.1826	0.0413	0.0123	-0.1041	-0.0327	-0.1207	-0.0555	0.1741	-0.0166	-0.0061	0.1761	-0.0057	0.1485	-23.0119	-0.8737	0.1359
10	3.3848	0.3622	-0.7767	2.6058	0.5633	2.3308	0.409	-0.072	-0.7301	-0.1803	-0.2355	0.1297	0.1993	-0.1696	-0.0266	0.3055	-0.0003	-0.1109	0.1645	0.0244	0.3275	-21.8611	-18.3142	-9.6217

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 104 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 105 through 136 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 137 through 248 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 249 through 278 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 32 through 84 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 85 through 159 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 160 through 248 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 249 through 279 )

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