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- PDB-2atw: Structure of a Mycobacterium tuberculosis NusA-RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2atw
タイトルStructure of a Mycobacterium tuberculosis NusA-RNA complex
要素
  • Transcription elongation protein nusA
  • ribosomal RNA (5'- AGAACUCAAUAG -3')
キーワードtranscription/RNA / Protein-RNA complex / transcription-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / K homology (KH) domain / RNA-binding domain, S1 / Type-1 KH domain profile. ...Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / K homology (KH) domain / RNA-binding domain, S1 / Type-1 KH domain profile. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / K homology domain superfamily, prokaryotic type / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / K homology domain-like, alpha/beta / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Transcription termination/antitermination protein NusA / Transcription termination/antitermination protein NusA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Beuth, B. / Pennell, S. / Arnvig, K.B. / Martin, S.R. / Taylor, I.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structure of a Mycobacterium tuberculosis NusA-RNA complex.
著者: Beuth, B. / Pennell, S. / Arnvig, K.B. / Martin, S.R. / Taylor, I.A.
履歴
登録2005年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ribosomal RNA (5'- AGAACUCAAUAG -3')
D: ribosomal RNA (5'- AGAACUCAAUAG -3')
A: Transcription elongation protein nusA
C: Transcription elongation protein nusA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7104
ポリマ－61,7104
非ポリマー00
水3,747208
1
B: ribosomal RNA (5'- AGAACUCAAUAG -3')
A: Transcription elongation protein nusA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8552
ポリマ－30,8552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: ribosomal RNA (5'- AGAACUCAAUAG -3')
C: Transcription elongation protein nusA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8552
ポリマ－30,8552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.564, 89.543, 100.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細One molecule NusA is in complex with one molecule RNA oligonucleotide. The biological assembly is a monomeric 1:1 complex. There are 2 biological assemblies in the asymmetric unit.

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要素

#1: RNA鎖 ribosomal RNA (5'- AGAACUCAAUAG -3')


分子量: 3843.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA oligonucleotide synthesis
#2: タンパク質 Transcription elongation protein nusA


分子量: 27011.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: nusA / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A5M2, UniProt: P9WIV3*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, Potassium dihydrogenphosphate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: その他 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→15 Å / Num. all: 28345 / Num. obs: 28167 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2770 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ASB

2asb


解像度: 2.25→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 7.301 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27267 1425 5.1 %RANDOM
Rwork0.20599 ---
all0.20934 26889 --
obs0.20934 26701 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3365 510 0 208 4083
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7342.1275505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2773446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.57115620
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2490.31679
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.5401
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.368
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2530.521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8951.52219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70423569
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5431762
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.954.51936
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.307 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.381 107
Rwork0.251 1878

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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