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- PDB-2atp: Crystal structure of a CD8ab heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2atp
タイトルCrystal structure of a CD8ab heterodimer
要素
  • T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
  • T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain
  • artifact linker
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD8ab / CD8aa / MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class I protein binding / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / calcium-mediated signaling / T cell receptor signaling pathway / defense response to virus ...cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class I protein binding / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / calcium-mediated signaling / T cell receptor signaling pathway / defense response to virus / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / external side of plasma membrane / protein kinase binding / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain / CD8 alpha subunit / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain / CD8 alpha subunit / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chang, H.C. / Tan, K. / Ouyang, J. / Parisini, E. / Liu, J.H. / Le, Y. / Wang, X. / Reinherz, E.L. / Wang, J.H.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2005
タイトル: Structural and Mutational Analyses of a CD8alphabeta Heterodimer and Comparison with the CD8alphaalpha Homodimer.
著者: Chang, H.C. / Tan, K. / Ouyang, J. / Parisini, E. / Liu, J.H. / Le, Y. / Wang, X. / Reinherz, E.L. / Wang, J.H.
履歴
登録2005年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
E: artifact linker
B: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain
C: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
F: artifact linker
D: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4849
ポリマ－59,8206
非ポリマー6643
水79344
1
A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
E: artifact linker
B: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1314
ポリマ－29,9103
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
F: artifact linker
D: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3525
ポリマ－29,9103
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.668, 92.655, 79.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / T-cell surface glycoprotein Lyt-2


分子量: 13842.911 Da / 分子数: 2 / 断片: CD8a ectodomain fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd8a, Lyt-2, Lyt2 / プラスミド: pEE14
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-Lec 3.8.2.1 / 参照: UniProt: P01731
#2: タンパク質・ペプチド artifact linker


分子量: 3028.172 Da / 分子数: 2
断片: a peptide used to connect CD8a C-terminal and CD8b N-terminal
由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic linker
#3: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain / T-cell surface glycoprotein Lyt-3 / T-cell membrane glycoprotein Ly-3


分子量: 13038.967 Da / 分子数: 2 / 断片: CD8b ectodomain fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd8b, Lyt-3, Lyt3 / プラスミド: pEE14
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-Lec 3.8.2.1 / 参照: UniProt: P10300
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG4000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月5日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 21001 / Num. obs: 21001 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 51.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2071 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BQH

1bqh


解像度: 2.4→25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1497 -RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.246 19292 90.9 %-
all-20984 --
原子変位パラメータBiso mean: 52.314 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3750 0 42 44 3836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.0092
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.913
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.842
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.649
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.457 121
Rwork0.406 -
obs-1550

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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