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- PDB-2asc: Scorpion toxin LQH-alpha-IT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2asc
タイトルScorpion toxin LQH-alpha-IT
要素neurotoxin alpha-IT
キーワードTOXIN / alpha toxin / scorpion
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(HYDROXYMETHYL)-N,N-DIMETHYLHEXAN-1-AMINIUM / N,N,N-TRIMETHYLHEPTA-1,3,5-TRIYN-1-AMINIUM / ETHANOL / : / METHANOL / NITRATE ION / : / Alpha-insect toxin LqhaIT
類似検索 - 構成要素
生物種Leiurus quinquestriatus (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Kahn, R. / Karbat, I. / Gurevitz, M. / Frolow, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structures of Lqh-alpha-IT and Lqh-alpha-IT8D9D10V mutant
著者: Kahn, R. / Karbat, I. / Gurevitz, M. / Frolow, F.
履歴
登録2005年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: neurotoxin alpha-IT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,45519
ポリマ－7,3961
非ポリマー1,05918
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.714, 129.714, 129.714
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3001-

DR8

21A-3001-

DR8

31A-3001-

DR8

41A-3001-

DR8

51A-3001-

DR8

61A-3001-

DR8

71A-3001-

DR8

81A-3001-

DR8

91A-2001-

K

101A-9056-

HOH

詳細Biologically active in monomeric form

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 neurotoxin alpha-IT


分子量: 7396.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus (サソリ) / プラスミド: pET-11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: PIR: A35940, UniProt: P17728*PLUS

-
非ポリマー , 9種, 93分子

#2: 化合物 ChemComp-DR8 / N,N,N-TRIMETHYLHEPTA-1,3,5-TRIYN-1-AMINIUM


分子量: 146.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N
#3: 化合物 ChemComp-DR0 / N-(HYDROXYMETHYL)-N,N-DIMETHYLHEXAN-1-AMINIUM


分子量: 160.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H22NO
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL


分子量: 32.042 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#9: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.01M Hexadecyltrimethylammonium Bromide, 0.5M NaCl, 0.01M MgCl, 0.01M MgCl, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月10日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→74.95 Å / Num. all: 38414 / Num. obs: 38414 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 28.2 % / Biso Wilson estimate: 9.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Χ2: 0.805 / Net I/σ(I): 40.1
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
1.1-1.1218870.80599.4
1.12-1.1418750.75499.9
1.14-1.1618760.76199.9
1.16-1.1818680.7751000.91
1.18-1.2118810.8091000.763
1.21-1.2419010.7421000.699
1.24-1.2718930.781000.567
1.27-1.318940.7931000.481
1.3-1.3418690.7911000.415
1.34-1.3919050.7961000.313
1.39-1.4419080.8081000.246
1.44-1.4918900.8141000.195
1.49-1.5619210.8141000.154
1.56-1.6419150.8311000.118
1.64-1.7519230.8671000.102
1.75-1.8819480.8751000.077
1.88-2.0719300.8591000.06
2.07-2.3719750.8851000.051
2.37-2.9920050.6991000.047
2.99-4021500.7599.60.043

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
ProDCデータ収集
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SEG

1seg


解像度: 1.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 0.577 / SU ML: 0.012 / SU R Cruickshank DPI: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13794 1925 5 %RANDOM
Rwork0.13044 ---
all0.131 38414 --
obs0.13082 36525 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.083 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数550 0 50 90 690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022621
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7711.992825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0753.0191068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.616573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.72922.06929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.5151593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.638156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2610.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2280.2466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1010.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.238
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0920.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3980.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3350.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2860.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.050.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.2583344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6863139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.5225545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.3487285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.31810275
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.01131098
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.275385
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.12131066
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.128 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 141 -
Rwork0.254 2659 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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