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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aph | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human PGRP-IalphaC in complex with muramyl pentapeptide | ||||||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / PGRPs / Lys-type / peptidoglycan / complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of natural killer cell differentiation involved in immune response / peptidoglycan immune receptor activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / biological process involved in interaction with host / peptidoglycan binding / Antimicrobial peptides / negative regulation of type II interferon production / detection of bacterium / peptidoglycan catabolic process / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide ...negative regulation of natural killer cell differentiation involved in immune response / peptidoglycan immune receptor activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / biological process involved in interaction with host / peptidoglycan binding / Antimicrobial peptides / negative regulation of type II interferon production / detection of bacterium / peptidoglycan catabolic process / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / protein heterodimerization activity / innate immune response / protein-containing complex / zinc ion binding / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Guan, R. / Roychowdjury, A. / Boons, G. / Mariuzza, R.A. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human peptidoglycan recognition protein I alpha bound to a muramyl pentapeptide from Gram-positive bacteria. 著者: Guan, R. / Brown, P.H. / Swaminathan, C.P. / Roychowdhury, A. / Boons, G.J. / Mariuzza, R.A. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1sk3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18271.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 486.565 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: muramyl pentapeptide was synthesized chemically. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG2000 MME, Nickel sulfate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 165 K | |||||||||
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放射光源 | タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 / 波長: 1.54178 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月9日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→37.8 Å / Num. all: 20828 / Num. obs: 20828 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 5.6 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry: 1SK3 解像度: 2.1→37.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1122082.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.7468 Å2 / ksol: 0.311407 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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