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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2adw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Echinomycin-(ACGTACGT)2 solved by SAD | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA/ANTIBIOTIC / DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX / BISINTERCALATOR / HOOGSTEEN BASEPAIR / DEPSIPEPTIDE / QUINOXALINE / THIOACETAL / ANTIBIOTIC / ANTITUMOR | ||||||
機能・相同性 | Echinomycin / NICKEL (II) ION / 2-CARBOXYQUINOXALINE / : / DNA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | STREPTOMYCES ECHINATUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Cuesta-Seijo, J.A. / Sheldrick, G.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006 タイトル: Serendipitous Sad Phasing of an Echinomycin-(Acgtacgt)2 Bisintercalation Complex. 著者: Cuesta-Seijo, J.A. / Weiss, M.S. / Sheldrick, G.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2adw.cif.gz | 82.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2adw.ent.gz | 69.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2adw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2adw_validation.pdf.gz | 449.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2adw_full_validation.pdf.gz | 462.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2adw_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2adw_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/2adw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/2adw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-DNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ACEGHIJK
-非ポリマー , 5種, 97分子 HIJK
#3: 化合物 | ChemComp-MES / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-NI / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
#6: 化合物 | ChemComp-QUI / タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 174.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O2 詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5. 参照: Echinomycin #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. ...THE ECHINOMYCI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: PEG 200, PEG3350, MES, SPERMINE, PH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月12日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 21134 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -99 / 冗長度: 12.42 % / Rmerge(I) obs: 0.0716 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 10.07 % / Rmerge(I) obs: 0.3941 / Mean I/σ(I) obs: 5.33 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.6→30 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): -99 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER. PARKINSON / 詳細: CGLS SHELX REFINEMENT
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Refine analyze | Num. disordered residues: 17 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
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