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- PDB-2a7r: Crystal structure of human Guanosine Monophosphate reductase 2 (GMPR2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a7r
タイトルCrystal structure of human Guanosine Monophosphate reductase 2 (GMPR2)
要素GMP reductase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


GMP reductase complex / GMP reductase / GMP reductase activity / GMP metabolic process / Purine salvage / purine nucleobase metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GMP reductase / : / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...GMP reductase / : / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP reductase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Li, J. / Wei, Z. / Zheng, M. / Gu, X. / Deng, Y. / Qiu, R. / Chen, F. / Ji, C. / Gong, W. / Xie, Y. / Mao, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Human Guanosine Monophosphate Reductase 2 (GMPR2) in Complex with GMP
著者: Li, J. / Wei, Z. / Zheng, M. / Gu, X. / Deng, Y. / Qiu, R. / Chen, F. / Ji, C. / Gong, W. / Xie, Y. / Mao, Y.
履歴
登録2005年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年12月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GMP reductase 2
B: GMP reductase 2
C: GMP reductase 2
D: GMP reductase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,47615
ポリマ－159,6184
非ポリマー1,85811
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14400 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area44750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.560, 110.560, 209.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
GMP reductase 2 / Guanosine 5'-monophosphate oxidoreductase 2 / Guanosine monophosphate reductase 2


分子量: 39904.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P2T1, GMP reductase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: sodium citrate, Li2SO4, (NH4)2SO4, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 30157 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 66.3 Å2
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
ADDREF(XTAL V. 3.0)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→48.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 227183.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 2935 10 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.233 30423 --
obs0.228 29287 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.621 Å2 / ksol: 0.357411 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.84 Å28.57 Å20 Å2
2--1.84 Å20 Å2
3----3.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9462 0 112 12 9586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 477 10.5 %
Rwork0.331 4064 -
obs--91.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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