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万見
- PDB-2a6v: Crystal structure of Emp46p carbohydrate recognition domain (CRD)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a6v
タイトルCrystal structure of Emp46p carbohydrate recognition domain (CRD), potassium-bound form
要素Emp46p
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / BETA SANDWICH / CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN / CARGO RECEPTOR / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOC GTPase cycle / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / D-mannose binding / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / carbohydrate binding / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Emp46/Emp47 / EMP46/EMP47, N-terminal lectin domain / Legume-like lectin / : / Legume-like lectin family / L-type lectin-like (leguminous) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Protein EMP46
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Satoh, T. / Sato, K. / Kanoh, A. / Yamashita, K. / Kato, R. / Nakano, A. / Wakatsuki, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structures of the carbohydrate recognition domain of Ca2+-independent cargo receptors Emp46p and Emp47p.
著者: Satoh, T. / Sato, K. / Kanoh, A. / Yamashita, K. / Yamada, Y. / Igarashi, N. / Kato, R. / Nakano, A. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2005年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Emp46p
B: Emp46p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4517
ポリマ－51,1862
非ポリマー2645
水7,638424
1
A: Emp46p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7334
ポリマ－25,5931
非ポリマー1403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Emp46p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7173
ポリマ－25,5931
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.320, 55.890, 77.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Emp46p


分子量: 25593.084 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 6-229 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3), DL41 / 参照: GenBank: 6323109, UniProt: Q12396*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350, Potassium fluoride, HEPES, Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B11
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A20.9700, 0.9790, 0.9794
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2004年1月21日
ADSC QUANTUM 42CCD2003年12月21日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.971
30.9791
40.97941
反射解像度: 1.52→50 Å / Num. all: 68062 / Num. obs: 67798 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.52→1.57 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 6716 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.52→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.463 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 3438 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.191 64233 --
obs0.191 64233 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å2-0.47 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3484 0 14 424 3922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223569
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.9694795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.26637488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.255433
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02727
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.250.23803
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22210
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1490.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8531.52149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5623451
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08131420
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4244.51344
LS精密化 シェル最高解像度: 1.52 Å / Num. reflection Rwork: 4722 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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