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万見
- PDB-2a5p: Monomeric parallel-stranded DNA tetraplex with snap-back 3+1 3' G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a5p
タイトルMonomeric parallel-stranded DNA tetraplex with snap-back 3+1 3' G-tetrad, single-residue chain reversal loops, GAG triad in the context of GAAG diagonal loop, NMR, 8 struct.
要素5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*IP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3'
キーワードDNA / MONOMERIC PARALLEL-STRANDED QUADRUPLEX / C-MYC PROMOTER 3+1 G-TETRAD / SINGLE NUCLEOTIDE CHAIN REVERSAL LOOP / GAG TRIAD / GAAG LOOP
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, DISTANCE RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS REFINEMENT, RELAXATION MATRIX INTENSITY REFINEMENT
データ登録者Phan, A.T. / Kuryavyi, V.V. / Gaw, H.Y. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2005
タイトル: Small-molecule interaction with a five-guanine-tract G-quadruplex structure from the human MYC promoter.
著者: Phan, A.T. / Kuryavyi, V. / Gaw, H.Y. / Patel, D.J.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*IP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7021
ポリマ－7,7021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 100back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*IP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3'


分子量: 7701.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: c-MYC gene / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-1H NOESY
1211H-1H TOCSY
1311H-31P COSY
1411H-1H COSY
1511H-15N JRHMQC
1611H-15N HMBC
1711H-13C JRHM 1H-13C HMBC
1811H-13C HSQC
1911H-13C sHMBC
11011H-31P TOCSY
NMR実験の詳細Text: A TOTAL OF 100 INITIAL DNA STRUCTURES WERE GENERATED USING THE METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY PROTOCOL WITH THE EXPERIMENTAL DISTANCE RESTRAINTS SPECIFIED WITH THE R-6 AVERAGING OPTION. EIGHT ...Text: A TOTAL OF 100 INITIAL DNA STRUCTURES WERE GENERATED USING THE METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY PROTOCOL WITH THE EXPERIMENTAL DISTANCE RESTRAINTS SPECIFIED WITH THE R-6 AVERAGING OPTION. EIGHT BEST STRUCTURES SELECTED ON THE BASIS OF GOOD COVALENT GEOMETRY, LOW DISTANCE RESTRAINT VIOLATION AND FAVOURABLE NON-BONDED ENERGY TERMS WERE FURTHER OPTIMIZED WITH RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, MOLECULAR MECHANICS AND RELAXATION MATRIX INTENSITY REFINEMENT.THE PROTOCOLS ARE AS FOLLOWS. THE DYNAMICS WAS INITIATED AT 300K AND THE TEMPERATURE WAS INCREASED TO 1000K DURING 7PS. AFTER 0.5 PS THE FORCE CONSTANTS WERE GRADUALLY SCALED DURING 17.5 PSEC IN THE PROPORTION 1:4:8 FOR THREE CLASSES OF NOE: EXCHANGEABLE, NONEXCHANGEABLE AND HYDROGEN BONDS, RESP. THE STRUCTURES WERE THEN SLOWLY COOLED TO 300K IN 14 PS AND EQUILIBRATED AT 300K FOR 12 PS. THE COORDINATES SAVED EVERY 0.5 PS DURING THE LAST 4.0 PS WERE AVERAGED AND THE AVERAGE STRUCTURE WAS SUBJECTED TO MINIMIZATION UNTIL THE GRADIENT OF ENERGY WAS LESS THAN 0.1KCAL/MOL. SOFT PLANARITY RESTRAINTS IMPOSED ON TETRADS AND TRIAD BEFORE HEATING WERE EXCLUDED AT THE EQUILIBRATION STAGE. THE DIHEDRAL AND HYDROGEN-BONDING RESTRAINTS FOR TETRADS, WERE MAINTAINED THROUGHOUT. ALL EIGHT STRUCTURES WERE SUBJECTED TO RELAXATION MATRIX INTENSITY REFINEMENT. THE INTENSITY VOLUMES OF NON-EXCHANGEABLE PROTONS WERE USED AS RESTRAINTS WITH EXCHANGEABLE PROTONS REPLACED BY DEUTERONS. DYNAMICS STARTED AT 5K AND THE SYSTEM WAS HEATHED UP TO 300 K IN 0.6 PSEC. THE FORCE CONSTANT FOR NOE INTENSITIES WAS GRADUALLY INCREASED FROM 0 TO 400 KCAL*MOL-1*A-2 WITH SIMULTANEOUS DECREASE OF THE DISTANCE FORCE CONSTANTS FOR NON-EXCHANGEABLE PROTONS FROM 32 to 16. AFTER EQUILIBRATION AT 300 K FOR 3 PSEC THE RESULTING STRUCTURES WERE SUBJECTED TO MINIMIZATION UNTIL THE GRADIENT OF ENERGY WAS LESS THAN 0.1KCAL/MOL. THE DISTANCE RESTRAINTS FOR EXCHANGEABLE PROTONS HYDROGEN BONDS AND DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS WERE MAINTAINED. SOFT PLANARITY RESTRAINTS WEERE SET FOR TETRAD (1 KCAL*MOL-1*A-2) AND TRIAD (0.5 KCAL*MOL-1*A-2).

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
170 MM KCL 20 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
270 MM KCL 20 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 90 mM / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VARIAN UNITY INOVAVarianVARIAN UNITY INOVA6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XPLOR3.851AT BRUNGER精密化
VNMR6VARIANcollection
Felix2000ACCELRYS解析
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, DISTANCE RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS REFINEMENT, RELAXATION MATRIX INTENSITY REFINEMENT
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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