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万見
- PDB-1pc0: NMR Structure of the Archaeal Homologue of RNase P Protein Rpp29 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pc0
タイトルNMR Structure of the Archaeal Homologue of RNase P Protein Rpp29
要素Hypothetical protein AF1917
キーワードRNA BINDING PROTEIN / sandwich / beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / rRNA processing / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P protein subunit RNP1 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 / Ribonuclease P protein subunit Rpp29/RNP1 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 superfamily / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / A domain found in a protein subunit of human RNase MRP and RNase P ribonucleoprotein complexes and archaeal proteins. / Rof/RNase P-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease P protein component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者Sidote, D.J. / Hoffman, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: NMR Structure of an Archaeal Homologue of Ribonuclease P Protein Rpp29
著者: Sidote, D.J. / Hoffman, D.W.
履歴
登録2003年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein AF1917


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9001
ポリマ－6,9001
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein AF1917


分子量: 6900.119 Da / 分子数: 1 / 断片: residue 17-77 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF1917 / プラスミド: pMAL-c2t / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28362

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
3233D 13C-separated NOESY
2323D 15N-separated NOESY
4442D NOESY
5552D NOESY
6662D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear and 3D heteronuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.8 mM Rpp29 U-15N;10mM postassium phosphate pH 5.8 100mM sodium Chloride 10mM sodium azide90% H2O/10% D2O
21.8 mM Rpp29 U-15N;10mM postassium phosphate pH 3.0 100mM sodium Chloride 10mM sodium azide90% H2O/10% D2O
31.8 mM Rpp29 U-15N; U-13C; 10mM postassium phosphate pH 5.8 100mM sodium Chloride 10mM sodium azide90% H2O/10% D2O
41.8 mM Rpp29; 10mM postassium phosphate pH 5.8 100mM sodium Chloride 10mM sodium azide90% H2O/10% D2O
51.8 mM Rpp29; 10mM postassium phosphate pH 3.0 100mM sodium Chloride 10mM sodium azide90% H2O/10% D2O
61.8 mM Rpp29; 10mM postassium phosphate pH 5.8 100mM sodium Chloride 10mM sodium azide100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100mM 5.8ambient 303 K
2100mM 3ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / バージョン: 1.1 / 開発者: Brunger, A. T. / 分類: 精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 651 restraints, 554 are NOE-derived distance constraints, 70 dihedral angle restraints,27 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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