PDB-2a3x: Decameric crystal structure of human serum amyloid P-component bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a3x

タイトル

Decameric crystal structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2carboxy- 2-methyl-1,3-dioxane]- 5-yloxycarbonyl}-piperazine

要素

Serum amyloid P-component

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / multivalent ligand / serum amyloid

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation by host of viral exo-alpha-sialidase activity / negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of exo-alpha-sialidase activity / negative regulation of glycoprotein metabolic process / complement component C1q complex binding / negative regulation of viral process / negative regulation of wound healing / negative regulation of monocyte differentiation / negative regulation of viral entry into host cell / virion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Ho, J.G. / Kitov, P.I. / Paszkiewicz, E. / Sadowska, J. / Bundle, D.R. / Ng, K.K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Ligand-assisted Aggregation of Proteins: DIMERIZATION OF SERUM AMYLOID P COMPONENT BY BIVALENT LIGANDS.
著者: Ho, J.G. / Kitov, P.I. / Paszkiewicz, E. / Sadowska, J. / Bundle, D.R. / Ng, K.K.

履歴

登録	2005年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a3x.cif.gz	407.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a3x.ent.gz	333.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2a3x_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2a3x_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2a3x_validation.xml.gz	71.2 KB	表示
CIF形式データ	2a3x_validation.cif.gz	94.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/2a3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/2a3x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a3wC 2a3yC 1lgnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2a3w-1 2a3w-2 4avt-d 1lj7-d 2ehz-1 1r0x-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serum amyloid P-component

B: Serum amyloid P-component

C: Serum amyloid P-component

D: Serum amyloid P-component

E: Serum amyloid P-component

F: Serum amyloid P-component

G: Serum amyloid P-component

H: Serum amyloid P-component

I: Serum amyloid P-component

J: Serum amyloid P-component

ヘテロ分子

235 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.861, 95.054, 164.257
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 204 / Label seq-ID: 1 - 204

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J

#1: タンパク質	Serum amyloid P-component / SAP / 9.5S alpha-1-glycoprotein 分子量: 23282.455 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02743
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CPK / BIS-1,2-{[(Z)-2CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBONYL}-PIPERAZINE 分子量: 462.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₆N₂O₁₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: sodium acetate, calcium acetate, PEG 8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115872 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月19日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.115872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→59.8 Å / Num. all: 45367 / Num. obs: 45367 / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.349 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LGN

1lgn

解像度: 3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.858 / SU B: 25.707 / SU ML: 0.462 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.545 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28223	2298	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22815	-	-	-
obs	0.23087	42996	95 %	-
all	-	43001	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.892 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.74 Å²	0 Å²	1.08 Å²
2-	-	-3.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16490	0	116	0	16606

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	17072
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.074	1.956	23240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.495	5	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	7476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.155	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.113	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.643	2	10170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.557	2.5	16520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.351	3.5	6902
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.674	4.5	6720
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	816	medium positional	0.25	0.5
2	B	816	medium positional	0.22	0.5
3	C	816	medium positional	0.22	0.5
4	D	816	medium positional	0.22	0.5
5	E	816	medium positional	0.24	0.5
6	F	816	medium positional	0.33	0.5
7	G	816	medium positional	0.28	0.5
8	H	816	medium positional	0.24	0.5
9	I	816	medium positional	0.2	0.5
10	J	816	medium positional	0.22	0.5
1	A	833	loose positional	0.78	5
2	B	833	loose positional	0.72	5
3	C	833	loose positional	0.71	5
4	D	833	loose positional	0.62	5
5	E	833	loose positional	0.65	5
6	F	833	loose positional	0.75	5
7	G	833	loose positional	0.75	5
8	H	833	loose positional	0.63	5
9	I	833	loose positional	0.59	5
10	J	833	loose positional	0.63	5
1	A	816	medium thermal	0.23	2
2	B	816	medium thermal	0.23	2
3	C	816	medium thermal	0.35	2
4	D	816	medium thermal	0.54	2
5	E	816	medium thermal	0.4	2
6	F	816	medium thermal	0.41	2
7	G	816	medium thermal	0.33	2
8	H	816	medium thermal	0.39	2
9	I	816	medium thermal	0.51	2
10	J	816	medium thermal	0.34	2
1	A	833	loose thermal	2.21	10
2	B	833	loose thermal	2.22	10
3	C	833	loose thermal	3.2	10
4	D	833	loose thermal	4.21	10
5	E	833	loose thermal	3.25	10
6	F	833	loose thermal	3.23	10
7	G	833	loose thermal	3.08	10
8	H	833	loose thermal	3.48	10
9	I	833	loose thermal	3.86	10
10	J	833	loose thermal	2.97	10

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.348	159
R_work	0.249	2785

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7791	0.7555	-0.862	6.211	-1.9276	3.7944	-0.2823	1.0211	-0.3733	-1.6794	0.4689	-0.3333	0.2086	-0.0426	-0.1866	1.5912	-0.2673	0.1397	1.706	-0.3589	0.6165	-12.0644	58.6342	16.071
2	2.2361	0.6271	0.1024	4.4379	2.3105	4.4421	0.054	1.353	0.405	-1.2414	0.2892	-0.4637	-0.6129	-0.4304	-0.3432	1.7725	-0.1745	0.1514	1.6494	0.3411	0.6966	-7.5241	95.3829	18.8116
3	2.4298	1.5377	-0.4021	4.1193	-0.258	4.945	0.0795	0.6066	0.5365	-0.7548	0.2059	-0.1439	-0.7078	0.1108	-0.2854	0.6425	0.0517	-0.027	0.4311	0.1447	0.862	-6.8446	103.8787	54.7772
4	2.6154	0.4199	0.0682	6.2837	0.4588	1.7486	0.0498	0.0064	-0.0165	0.1562	-0.0178	-0.0992	0.1089	-0.032	-0.032	0.2441	0.0468	-0.2187	0.204	0.0463	0.7245	-11.2324	72.8572	74.2329
5	2.893	0.0946	-0.1877	3.8972	0.8058	6.2314	-0.1112	0.5596	-0.6401	-0.5347	0.3793	-0.4839	0.3096	0.1613	-0.2681	0.4838	0.0359	-0.194	0.4849	-0.2647	0.8772	-14.4537	44.8873	50.3683
6	1.551	0.1776	-1.4648	7.4767	2.366	3.9764	0.2561	1.0221	0.441	-1.6265	-0.1544	0.1074	-0.4447	-0.1371	-0.1017	1.9123	0.5962	0.2532	1.5408	0.4598	0.1406	-44.1592	91.8485	12.9456
7	1.0826	0.5774	-0.647	5.124	-0.89	4.2503	0.5317	1.3015	-0.7317	-1.7514	-0.7593	0.5317	0.3529	-0.6098	0.2277	1.7721	0.5559	-0.1312	1.637	-0.5848	0.3796	-50.2857	56.0375	21.2906
8	2.6108	-0.6745	-0.8909	6.2164	0.9064	4.0561	-0.1027	0.3704	-0.6927	-0.1647	-0.2765	0.6767	0.3816	-0.2508	0.3792	0.5812	0.0837	0.1681	0.4785	-0.0461	0.4958	-53.0661	53.3856	57.9375
9	3.777	0.0586	0.1083	7.6491	-0.6908	1.909	0.0586	-0.2266	0.3121	0.4573	0.0639	-0.0365	-0.1696	-0.0311	-0.1225	0.403	0.1933	0.1453	0.3764	-0.0163	0.309	-49.7027	87.4012	71.8826
10	2.6059	0.0492	-1.0001	4.3283	-0.3932	6.117	0.392	0.475	1.0115	-0.6119	-0.1417	-0.4216	-0.4173	0.0189	-0.2503	0.8421	0.3261	0.4085	0.6016	0.4101	0.8569	-44.3407	111.0861	44.1316

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 204	1 - 204
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 204	1 - 204
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 204	1 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 204	1 - 204
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 204	1 - 204
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 204	1 - 204
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	1 - 204	1 - 204
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	1 - 204	1 - 204
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	1 - 204	1 - 204
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	1 - 204	1 - 204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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