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万見
- PDB-1zvt: Structure of the E. coli ParC C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zvt
タイトルStructure of the E. coli ParC C-terminal domain
要素Topoisomerase IV subunit A
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / beta-pinwheel / ATPase (ATPアーゼ) / supercoiling (DNA超らせん) / decatenation / DNA binding (デオキシリボ核酸) / DNA topology (核酸構造)
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid partitioning / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / sister chromatid cohesion / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / 染色体 / DNA binding ...plasmid partitioning / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / sister chromatid cohesion / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / 染色体 / DNA binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 4 subunit A / DNA topoisomerase 4 subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Corbett, K.D. / Schoeffler, A.J. / Thomsen, N.D. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Structural Basis for Substrate Specificity in DNA Topoisomerase IV.
著者: Corbett, K.D. / Schoeffler, A.J. / Thomsen, N.D. / Berger, J.M.
履歴
登録2005年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase IV subunit A
B: Topoisomerase IV subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2032
ポリマ－55,2032
非ポリマー00
水6,846380
1
A: Topoisomerase IV subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6021
ポリマ－27,6021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Topoisomerase IV subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6021
ポリマ－27,6021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.908, 50.494, 72.759
Angle α, β, γ (deg.)86.11, 86.90, 70.57
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Topoisomerase IV subunit A /


分子量: 27601.652 Da / 分子数: 2 / 断片: CTD (residues 497-752) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: parC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P20082, UniProt: P0AFI2*PLUS, EC: 5.99.1.-
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: HEPES, NaCl, Na acetate, NH4 acetate, PEG-4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1271, 0.9796, 1.0199
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月3日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.12711
20.97961
31.01991
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 57955 / Num. obs: 57955 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 5659 / Rsym value: 0.257 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.769 / SU ML: 0.064 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21548 2937 5.1 %RANDOM
Rwork0.1835 ---
all0.18509 54999 --
obs0.18509 54999 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.165 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å2-0.02 Å20.53 Å2
2--0.22 Å2-0.84 Å2
3----1.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3705 0 0 380 4085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223767
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3391.9955095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4055488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.19723.973146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.56915674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3711530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.031.52517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51823934
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.67631379
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2744.51161
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 228 -
Rwork0.206 3859 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.0715 Å / Origin y: 3.9856 Å / Origin z: 21.1666 Å
111213212223313233
T-0.0768 Å2-0.004 Å20.0113 Å2--0.0178 Å2-0.0035 Å2--0.0029 Å2
L0.0505 °2-0.018 °20.1388 °2-0.2649 °2-0.0979 °2--0.976 °2
S0.0016 Å °-0.0114 Å °0.0123 Å °0.0037 Å °0.0087 Å °0.0083 Å °0.0073 Å °-0.017 Å °-0.0103 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA497 - 7421 - 246
2X-RAY DIFFRACTION1BB497 - 7421 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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