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- PDB-1ztg: human alpha polyC binding protein KH1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ztg
タイトルhuman alpha polyC binding protein KH1
要素
  • 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3'
  • POLY(RC)-BINDING PROTEIN 1
キーワードDNA / RNA BINDING PROTEIN/DNA / KH-motif / KH-domain / protein-dna complex / RNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific single stranded DNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / single-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / postsynaptic density / nuclear speck / cadherin binding / ribonucleoprotein complex ...sequence-specific single stranded DNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / single-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / postsynaptic density / nuclear speck / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / viral RNA genome replication / mRNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Poly(rC)-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Sidiqi, M. / Wilce, J.A. / Barker, A. / Schmidgerger, J. / Leedman, P.J. / Wilce, M.C.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Contribution of the first K-homology domain of poly(C)-binding protein 1 to its affinity and specificity for C-rich oligonucleotides
著者: Yoga, Y.M.K. / Traore, D.A.K. / Sidiqi, M. / Szeto, C. / Pendini, N.R. / Barker, A. / Leedman, P.J. / Wilce, J.A. / Wilce, M.C.J.
履歴
登録2005年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年12月4日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32012年3月7日Group: Database references
改定 1.42013年7月17日Group: Database references
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLY(RC)-BINDING PROTEIN 1
B: POLY(RC)-BINDING PROTEIN 1
C: POLY(RC)-BINDING PROTEIN 1
D: POLY(RC)-BINDING PROTEIN 1
Y: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3'
Z: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0236
ポリマ－37,0236
非ポリマー00
水00
1
A: POLY(RC)-BINDING PROTEIN 1
D: POLY(RC)-BINDING PROTEIN 1
Y: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5113
ポリマ－18,5113
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: POLY(RC)-BINDING PROTEIN 1
C: POLY(RC)-BINDING PROTEIN 1
Z: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5113
ポリマ－18,5113
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.6, 76.8, 61.4
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.7, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12Y
22Z

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEAC13 - 832 - 72
21ILEILEBD13 - 832 - 72
31ILEILECE13 - 832 - 72
41ILEILEDF13 - 832 - 72
12CTYA3 - 101 - 8
22CTZB3 - 101 - 8

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
POLY(RC)-BINDING PROTEIN 1 / PCBP1 / ALPHA-CP1 / HNRNP-E1 / NUCLEIC ACID BINDING PROTEIN SUB2.3


分子量: 8106.447 Da / 分子数: 4 / 断片: KH1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCBP1 / プラスミド: pGEX-6P2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15365
#2: DNA鎖 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3'


分子量: 2298.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: cacodylate, MPD, magnesium acetate, NaCl, EDTA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cacodylate11
2MPD11
3magnesium acetate11
4NaCl11
5EDTA11
6cacodylate12
7MPD12
8magnesium acetate12
9NaCl12
10EDTA12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2004年12月21日 / 詳細: Osmic
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→45.8 Å / Num. all: 8000 / Num. obs: 7978 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EC6 (with oligonucleotide removed)

1ec6


解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 83.054 / SU ML: 0.643 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.516 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29285 368 4.6 %RANDOM
Rwork0.24012 ---
all0.24269 8000 --
obs0.24012 7576 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.058 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2218 308 0 0 2526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3172.1423500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5765285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.97223.95386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.85915467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7061520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.21208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21759
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0930.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1611.51449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.2922296
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.44931243
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6764.51204
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A547medium positional0.530.5
11B547medium positional0.530.5
11C547medium positional0.480.5
11D547medium positional0.550.5
22Y154medium positional0.650.5
11A547medium thermal0.272
11B547medium thermal0.232
11C547medium thermal0.212
11D547medium thermal0.212
22Y154medium thermal0.242
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 29 -
Rwork0.358 577 -
obs--99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.32491.1066-1.034315.824-0.851113.89710.22130.47760.5335-1.07250.0764-0.7864-0.90490.0609-0.29770.12870.13710.0175-0.23730.1208-0.0509-1.71820.11424.516
27.94411.903-3.750618.0921-0.196514.21080.58570.53110.64550.9201-0.2060.8478-1.1551-0.5039-0.37970.2141-0.02980.1615-0.3411-0.05140.1349-33.87420.560.511
315.32672.0622-4.077513.85950.339812.6950.320.1282-0.2745-0.0664-0.2167-0.53980.51830.107-0.10330.38110.15410.0226-0.41110.15430.0879-9.2540.807-0.433
410.1811-3.2268-4.673823.21381.18458.6428-0.4505-0.4447-0.58730.4180.0051.01870.43820.08380.44550.2987-0.1682-0.0506-0.2129-0.02170.2599-24.81540.53230.104
517.7750.21820.70720.9496-2.24495.3912-0.56041.3628-0.99480.19090.22440.3255-0.11-0.68170.3360.7359-0.07230.3048-0.0038-0.08650.5847-14.82431.03325.886
629.89252.16717.1763.47950.92176.42460.364-0.7958-0.3951-0.06140.041-0.029-0.2840.1911-0.4050.4861-0.0820.2613-0.17280.2210.3613-20.65630.505-0.198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC13 - 842 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2BD12 - 851 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3CE12 - 831 - 72
4X-RAY DIFFRACTION4DF13 - 832 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5YA3 - 101 - 8
6X-RAY DIFFRACTION6ZB3 - 101 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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