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万見
- PDB-1zof: Crystal structure of alkyl hydroperoxide-reductase (AhpC) from He... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zof
タイトルCrystal structure of alkyl hydroperoxide-reductase (AhpC) from Helicobacter Pylori
要素alkyl hydroperoxide-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / decamer / toroide-shaped complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cellular response to stress / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase C
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Papinutto, E. / Windle, H.J. / Cendron, L. / Battistutta, R. / Kelleher, D. / Zanotti, G.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of alkyl hydroperoxide-reductase (AhpC) from Helicobacter pylori.
著者: Papinutto, E. / Windle, H.J. / Cendron, L. / Battistutta, R. / Kelleher, D. / Zanotti, G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The structure of reduced tryparedoxin peroxidase reveals a decamer and insight into reactivity of 2Cys-peroxiredoxins
著者: Alphey, M.S. / Bond, C.S. / Tetand, E. / Fairlamb, A.H. / Hunter, W.N.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2001
タイトル: Essential thioredoxin-dependent peroxiredoxin system from Helicobacter pylori: genetic and kinetic characterization
著者: Baker, L.M.S. / Raudonikiene, A. / Hoffman, P.S. / Poole, L.B.
#3: ジャーナル: TRENDS BIOCHEM.SCI. / 年: 2003
タイトル: Structure, mechanism and regulation of peroxiredoxins
著者: Wood, Z.A. / Schroder, E. / Harris, J.R. / Poole, L.B.
履歴
登録2005年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alkyl hydroperoxide-reductase
B: alkyl hydroperoxide-reductase
C: alkyl hydroperoxide-reductase
D: alkyl hydroperoxide-reductase
E: alkyl hydroperoxide-reductase
F: alkyl hydroperoxide-reductase
G: alkyl hydroperoxide-reductase
H: alkyl hydroperoxide-reductase
I: alkyl hydroperoxide-reductase
J: alkyl hydroperoxide-reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,76710
ポリマ－222,76710
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24550 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area64900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.860, 138.420, 127.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a decamer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
alkyl hydroperoxide-reductase / Thioredoxin reductase / 26 kDa antigen / AhpC


分子量: 22276.652 Da / 分子数: 10 / 変異: V2L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: tsaA / プラスミド: PBAD-THIO-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56876, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: sodium acetate, sodium formate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.27 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→52.8 Å / Num. all: 57514 / Num. obs: 57514 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 157.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 8357 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E2Y

1e2y


解像度: 2.95→52.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 737506.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 4704 8.2 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.236 57499 --
obs0.236 57499 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.6117 Å2 / ksol: 0.369771 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.59 Å20 Å21.93 Å2
2--7.54 Å20 Å2
3----9.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.73 Å0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→52.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13705 0 0 65 13770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 749 7.8 %
Rwork0.374 8802 -
obs-8357 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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