PDB-1zmi: Crystal structure of human alpha_defensin-2 (variant GLY16->D-ALA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zmi

タイトル

Crystal structure of human alpha_defensin-2 (variant GLY16->D-ALA), P 32 2 1 space group )

要素

Neutrophil defensin 2

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / ALPHA-DEFENSIN / ANTIMICROBIAL / D-AMINO ACID SUBSTITUTION

機能・相同性

機能・相同性情報

Defensins / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Alpha-defensins / estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / extracellular matrix / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / azurophil granule lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Lubkowski, J. / Prahl, A. / Lu, W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Reconstruction of the conserved beta-bulge in mammalian defensins using D-amino acids.
著者: Xie, C. / Prahl, A. / Ericksen, B. / Wu, Z. / Zeng, P. / Li, X. / Lu, W.Y. / Lubkowski, J. / Lu, W.

履歴

登録	2005年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zmi.cif.gz	66.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zmi.ent.gz	51.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zmi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zmi_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zmi_full_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示
XML形式データ	1zmi_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	1zmi_validation.cif.gz	11.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/1zmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/1zmi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zmhC 1zmkC 1dfnS 1zmm 1zmp 1zmq S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5epl-1 3h91-2 6m2d-4 3lo2-d 2k6u-d 4e86-13 1faq-d 4e86-14 3sfm-d 6ny0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (11) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neutrophil defensin 2

B: Neutrophil defensin 2

C: Neutrophil defensin 2

D: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

14.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Neutrophil defensin 2

B: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.45 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Neutrophil defensin 2

D: Neutrophil defensin 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.79 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Neutrophil defensin 2

B: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

A: Neutrophil defensin 2

B: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

C: Neutrophil defensin 2

D: Neutrophil defensin 2

C: Neutrophil defensin 2

D: Neutrophil defensin 2

ソフトウェアが定義した集合体
28.5 kDa, 8 ポリマー
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4

A: Neutrophil defensin 2

B: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

C: Neutrophil defensin 2

D: Neutrophil defensin 2

ソフトウェアが定義した集合体
14.2 kDa, 4 ポリマー
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5

A: Neutrophil defensin 2

B: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

C: Neutrophil defensin 2

D: Neutrophil defensin 2

ソフトウェアが定義した集合体
14.2 kDa, 4 ポリマー
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6

A: Neutrophil defensin 2

B: Neutrophil defensin 2

ヘテロ分子

C: Neutrophil defensin 2

D: Neutrophil defensin 2

ソフトウェアが定義した集合体
14.2 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.685, 71.685, 54.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質・ペプチド	Neutrophil defensin 2 分子量: 3395.059 Da / 分子数: 4 / 変異: G16(DAL) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEFA3, DEF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59666
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: lithium sulfate, PEG8000, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→30 Å / Num. all: 57187 / Num. obs: 57187 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.15→1.22 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / R_sym value: 0.513 / % possible all: 90.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Based on monomer of HNP-3 (PDB code 1DFN)

1dfn

解像度: 1.15→12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 0.774 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18202	2891	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16807	-	-	-
obs	0.16876	54227	98.53 %	-
all	-	54227	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.858 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	-0.08 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	936	0	39	122	1097

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.89	1.964	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.84	3	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.025	5	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.987	18.182	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.241	15	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.648	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.413	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.3	137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.3	813
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.201	0.5	424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.5	637
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.5	158
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.06	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.3	0.3	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.285	0.3	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.194	0.5	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.198	2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.116	2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.887	3	914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.02	2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.785	3	447
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.659	3	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	9.57	3	122
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.721	3	1865

LS精密化シェル

解像度: 1.15→1.212 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	411	-
R_work	0.184	7245	-
obs	-	-	92.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7646	0.2769	0.7832	3.1093	-1.3167	3.0384	0.0765	-0.0672	-0.072	0.0438	-0.0374	0.0925	0.1025	-0.0869	-0.0391	-0.0284	-0.0144	0.006	-0.0272	0.0028	-0.0179	-12.7495	29.8509	26.3762
2	3.6585	-1.5905	-1.0417	2.7275	0.8289	3.5518	-0.1007	0.2469	-0.356	0.0385	-0.1701	0.2862	0.2184	-0.3021	0.2708	-0.036	-0.0145	0.0308	-0.0036	-0.0422	0.0093	19.9121	10.001	41.8245
3	1.0248	-0.716	-1.0676	1.6687	1.4211	2.9649	-0.008	-0.0465	0.0556	0.0494	0.0507	-0.1038	0.0466	0.1501	-0.0427	-0.0216	-0.0055	-0.0049	-0.0151	-0.0002	-0.0128	-0.8245	35.5529	25.7336
4	3.6638	-1.75	-0.7703	6.0841	-1.7508	4.1569	-0.1986	0.0437	-0.0553	0.2157	0.0995	0.2664	-0.0622	-0.1182	0.0991	-0.0422	0.0246	0.0364	-0.0291	-0.0038	-0.0229	15.8658	15.9737	51.1493

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 29	1 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	C	1 - 29	1 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 29	1 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	19 - 29	19 - 29

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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