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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zmc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human dihydrolipoamide dehydrogenase complexed to NAD+ | ||||||
![]() | Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / E3 / lipoamide dehydrogenase / pyruvate dehydrogenase / alpha-ketoglutarate dehydrogenase / branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase / glycine decarboxylase / glycine cleavage | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetyltransferase complex / acrosomal matrix / Glycine degradation / : / dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / Lysine catabolism / oxoglutarate dehydrogenase complex / : ...acetyltransferase complex / acrosomal matrix / Glycine degradation / : / dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / Lysine catabolism / oxoglutarate dehydrogenase complex / : / branched-chain amino acid catabolic process / Citric acid cycle (TCA cycle) / pyruvate dehydrogenase complex / Branched-chain amino acid catabolism / Pyruvate metabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / motile cilium / sperm capacitation / Signaling by Retinoic Acid / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / gastrulation / Mitochondrial protein degradation / regulation of membrane potential / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / proteolysis / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brautigam, C.A. / Chuang, J.L. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Chuang, D.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Dihydrolipoamide Dehydrogenase: NAD(+)/NADH Binding and the Structural Basis of Disease-causing Mutations 著者: Brautigam, C.A. / Chuang, J.L. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Chuang, D.T. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN Some NAD+ molecules, 1902, 1903, 1905,1906, 1907 and 1908 had disordered nicotinamide ... HETEROGEN Some NAD+ molecules, 1902, 1903, 1905,1906, 1907 and 1908 had disordered nicotinamide moiety and were modeled as ADP. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 744.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 613.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 151 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 206.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50208.406 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / #4: 化合物 | ChemComp-NAD / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HEPES, PEG 4000, ammonium sulfate, pH 7.0, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ![]() ![]() |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979351 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.53→43.1 Å / Num. all: 157516 / Num. obs: 156541 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 41.6 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.53→2.62 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 15176 / Rsym value: 0.304 / % possible all: 96.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1JEH 解像度: 2.53→43.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 4216083.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.5242 Å2 / ksol: 0.316101 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.53→43.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.53→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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