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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uzi
タイトルCrystal structure of Dihydrolipoyl dehydrogenase from Elizabethkingia anophelis NUHP1
要素Dihydrolipoyl dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Dihydrolipoyl dehydrogenase / BD94_2540 / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / flavin adenine dinucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoamide dehydrogenase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain ...Dihydrolipoamide dehydrogenase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Dihydrolipoyl dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Dihydrolipoyl dehydrogenase from Elizabethkingia anophelis NUHP1
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrolipoyl dehydrogenase
B: Dihydrolipoyl dehydrogenase
C: Dihydrolipoyl dehydrogenase
D: Dihydrolipoyl dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,43321
ポリマ－204,5504
非ポリマー3,88317
水3,981221
1
A: Dihydrolipoyl dehydrogenase
B: Dihydrolipoyl dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,35813
ポリマ－102,2752
非ポリマー2,08311
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11930 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area32740 Å2
手法PISA
2
C: Dihydrolipoyl dehydrogenase
D: Dihydrolipoyl dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0748
ポリマ－102,2752
非ポリマー1,7996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11450 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area32610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.060, 106.800, 255.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...
21(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...
31(chain C and (resid 2 through 33 or (resid 34...
41(chain D and (resid 2 through 106 or (resid 107...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNASNASN(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AA210
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AA311
13METMETFADFAD(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AA - E1 - 5019
14METMETFADFAD(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AA - E1 - 5019
15METMETFADFAD(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AA - E1 - 5019
16METMETFADFAD(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AA - E1 - 5019
21ASNASNGLUGLU(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB2 - 3310 - 41
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB3442
23METMETFADFAD(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB - M1 - 5019
31ASNASNGLUGLU(chain C and (resid 2 through 33 or (resid 34...CC2 - 3310 - 41
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 2 through 33 or (resid 34...CC3442
33HISHISFADFAD(chain C and (resid 2 through 33 or (resid 34...CC - P-2 - 5016
34HISHISFADFAD(chain C and (resid 2 through 33 or (resid 34...CC - P-2 - 5016
35HISHISFADFAD(chain C and (resid 2 through 33 or (resid 34...CC - P-2 - 5016
36HISHISFADFAD(chain C and (resid 2 through 33 or (resid 34...CC - P-2 - 5016
41ASNASNASNASN(chain D and (resid 2 through 106 or (resid 107...DD2 - 10610 - 114
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 2 through 106 or (resid 107...DD107115
43ASNASNFADFAD(chain D and (resid 2 through 106 or (resid 107...DD - U2 - 50110
44ASNASNFADFAD(chain D and (resid 2 through 106 or (resid 107...DD - U2 - 50110
45ASNASNFADFAD(chain D and (resid 2 through 106 or (resid 107...DD - U2 - 50110
46ASNASNFADFAD(chain D and (resid 2 through 106 or (resid 107...DD - U2 - 50110

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dihydrolipoyl dehydrogenase


分子量: 51137.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: BD94_2540 / プラスミド: ElanA.01412.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077ELH4, dihydrolipoyl dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 238分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Rigaku Reagents JCSG+ screen, condition B2: 20% w/V PEG 3350, 200mM sodium thiocyanate: ElanA.01412.a.B1.PS38371 at 19.1 mg/ml. Cryo: 25% EG: tray 296479b2: puck CEB1-4.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月7日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.25 Å / Num. obs: 50364 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.23 % / Biso Wilson estimate: 53.341 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 313757 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.876.2840.632.8423221370136950.8560.68799.8
2.87-2.956.3030.5333.3822919364136360.8740.58199.9
2.95-3.046.3220.4394.1322012349334820.9180.47899.7
3.04-3.136.3020.3535.1921439342234020.9480.38599.4
3.13-3.236.2810.2726.7320873335033230.9650.29699.2
3.23-3.356.2940.2039.0420033320531830.9770.22299.3
3.35-3.476.2920.15711.3519234308630570.9860.17199.1
3.47-3.616.2710.12613.818563299829600.990.13798.7
3.61-3.786.2730.10117.0817822287628410.9950.1198.8
3.78-3.966.2160.08220.2416957276627280.9950.0998.6
3.96-4.176.2910.0723.5216217261925780.9960.07798.4
4.17-4.436.2110.05628.0615253249424560.9980.06198.5
4.43-4.736.2390.04831.6814387234023060.9980.05298.5
4.73-5.116.1930.04731.5713384220021610.9980.05198.2
5.11-5.66.150.05229.1612417204220190.9980.05698.9
5.6-6.266.1540.05229.4611213185018220.9980.05698.5
6.26-7.236.0930.04432.369858164616180.9990.04898.3
7.23-8.856.0350.0341.448304140413760.9990.03298
8.85-12.525.8460.02746.036425112210990.9990.02998
12.52-45.255.1860.02844.4632266686220.9980.03193.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1 -3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3urh as per Morda

3urh


解像度: 2.8→45.25 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2295 1947 3.87 %0
Rwork0.1689 ---
obs0.1713 50342 98.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 134.11 Å2 / Biso mean: 58.2917 Å2 / Biso min: 21.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→45.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13658 0 243 221 14122
Biso mean--65.22 42.33 -
残基数----1870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414100
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72219167
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6915127
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042594
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8446X-RAY DIFFRACTION8.239TORSIONAL
12B8446X-RAY DIFFRACTION8.239TORSIONAL
13C8446X-RAY DIFFRACTION8.239TORSIONAL
14D8446X-RAY DIFFRACTION8.239TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.870.33221640.235634253589100
2.87-2.950.29871350.230834363571100
2.95-3.030.27831440.213934103554100
3.03-3.130.28571400.20633434357499
3.13-3.240.27061490.19623420356999
3.24-3.370.27631270.20143454358199
3.37-3.530.26051430.19513419356299
3.53-3.710.21981340.17033428356299
3.71-3.950.22851440.15883420356499
3.95-4.250.20951330.14833423355698
4.25-4.680.16841180.12483485360398
4.68-5.350.19311290.13673489361898
5.35-6.740.21891480.17493515366399
6.74-45.250.20981390.16373637377697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.99681.6943.90347.8361.7721.94-0.07490.5475-0.2548-0.69660.18470.01960.06980.2141-0.06310.4762-0.03260.02770.2326-0.0010.3354-9.61229.4421-71.7922
24.2681.05323.35342.23211.18256.2292-0.29490.039-0.0089-0.4016-0.01340.1901-0.1022-0.4020.28940.4216-0.027-0.02030.2984-0.0010.54878.442322.6202-54.6674
30.9830.14280.41271.1195-0.05080.6064-0.0330.1779-0.0894-0.25470.00510.0262-0.11640.08990.05820.446-0.01820.03890.32980.00690.35710.982522.8066-64.4577
42.1364-0.3754-0.33021.8437-0.48371.47610.028-0.03690.20980.0848-0.0749-0.0007-0.23970.0210.0250.38460.0001-0.02780.2249-0.01210.31270.536434.7973-43.9883
53.9634-0.51553.18761.13840.22225.7868-0.0345-0.26780.00650.00920.01960.3405-0.0201-0.51560.02980.2577-0.00230.04310.2920.00980.3665-16.865314.2166-59.24
63.04880.4668-0.65552.30460.31492.37350.0243-0.3547-0.27430.4085-0.0609-0.02280.19620.02990.01820.3255-0.0066-0.03960.28720.07180.2765-1.05967.6084-33.4506
70.0361-0.02640.29551.1067-0.77592.7401-0.3659-0.7293-0.36810.31520.1707-0.2410.49450.39680.16660.74060.0946-0.16140.72090.25770.601814.6676-4.6078-16.4899
81.6824-0.14760.35291.1973-0.08251.06290.0478-0.13030.06590.3122-0.1739-0.4747-0.05760.62520.11840.3577-0.0128-0.11960.48250.01680.559523.716613.2495-35.744
91.3495-0.29110.02620.80160.05340.5338-0.0175-0.5721-0.35970.50050.0467-0.56110.54760.77810.03760.73410.1777-0.27240.70070.12430.749427.975-5.3073-25.9602
103.2251-0.9211-0.32320.28810.12681.65680.04880.2563-0.7183-0.0402-0.1059-0.96790.56140.6579-0.04110.47130.175-0.05220.50830.02540.844529.3334-5.4938-49.8454
111.5927-0.5592-0.30341.13910.07361.9306-0.2076-0.427-0.51990.40.2236-0.48240.77050.59040.06740.86130.3042-0.17150.63140.15480.943326.0456-14.6437-31.15
122.3409-0.3007-2.21691.1007-0.86586.7361-0.2397-0.3164-0.45430.04770.1561-0.05541.07310.00750.02270.69260.0448-0.0670.37230.11460.49956.1818-10.5738-29.2219
131.4956-0.00310.21630.50650.81131.97170.03560.0536-0.21350.0639-0.016-0.14270.32380.0103-0.02460.36520.0304-0.01980.20560.03310.39385.1708-2.3214-52.2677
142.3205-0.0509-1.22280.4761-1.16474.76850.15080.00560.60720.69620.0394-0.2127-1.03990.1989-0.15950.88070.14890.02780.37050.02910.7151-22.084281.7364-31.5797
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161.24530.2757-0.27691.21320.34561.617-0.06430.17050.1803-0.04750.02690.0569-0.2585-0.29180.02780.4360.1612-0.01980.43170.03830.3451-30.03357.3161-39.8179
173.4501-1.2744-0.83792.93650.36812.45940.12250.3144-0.0359-0.427-0.1892-0.2155-0.0783-0.58130.0070.48140.04810.00090.4283-0.03050.3409-21.767742.9431-48.7427
184.52191.5536-0.30522.3988-0.16745.4616-0.0703-0.14420.1679-0.09010.3337-0.6564-0.60410.2063-0.28210.55310.06580.04410.378-0.05060.6891-10.40769.129-32.1667
193.75391.8137-0.70093.64510.14713.2979-0.3062-0.55740.51230.41730.234-0.2934-0.67080.03460.04730.67130.1697-0.05710.4412-0.04810.5236-20.751767.489-20.8237
202.20540.35290.1481.86230.7484.7147-0.0883-0.1697-0.11020.2030.0338-0.21060.2686-0.21180.07070.48670.14430.04480.40250.0530.4013-31.960347.0621-13.257
217.49752.3026-2.25353.1677-0.00791.89370.13620.1367-0.19540.0616-0.18940.05040.1486-1.0187-0.04090.5949-0.01890.10840.82870.05250.4662-47.040935.54954.7495
224.97550.20320.23884.23070.56851.60610.4565-0.2342-0.09330.583-0.40610.3341-0.2981-0.9042-0.12670.49150.0060.01211.0311-0.03270.4211-56.621546.5659-18.4511
231.65350.12550.26080.23320.13660.83830.0119-0.2931-0.2410.1320.03720.23620.1621-1.0414-0.03760.56070.01740.10761.11310.00380.518-60.308443.2434-10.7573
241.1225-0.49520.09250.23850.00890.4891-0.1241-0.34940.44250.2888-0.16460.1874-0.2333-1.02990.02240.65990.43150.05361.2716-0.07080.6252-64.164765.1288-15.5057
254.32810.03910.34061.42450.77242.7833-0.2196-0.21710.2111-0.0459-0.25890.3541-0.1344-1.09920.40340.56720.26350.10071.4751-0.06570.6564-74.569359.7443-12.3928
262.41730.2076-1.9832.5534-1.89624.0817-0.2299-0.5369-0.31210.46550.09030.10320.0699-0.75310.24670.75740.19490.11891.15740.01220.4249-55.911148.115610.9971
271.30430.3639-0.23761.4427-0.76681.74610.1766-0.4086-0.11640.36410.0898-0.0987-0.3831-0.3112-0.03360.5680.13390.03670.73960.00960.3693-42.940550.78333.0866
281.41030.3929-0.53180.529-0.02041.5791-0.1277-0.0380.37460.20630.1290.0717-0.5701-0.78130.02140.70380.36910.0850.6296-0.00790.5359-45.200868.2533-14.7105
291.82860.1947-0.01060.8832-0.26291.7132-0.08860.10190.38890.14870.0568-0.0041-0.8034-0.37640.0030.66740.24680.02130.5192-0.03910.4427-36.834767.4686-14.6353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 33 )A1 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 65 )A34 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 66 through 163 )A66 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 164 through 275 )A164 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 276 through 351 )A276 - 351
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 352 through 467 )A352 - 467
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 46 )B1 - 46
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 47 through 105 )B47 - 105
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 106 through 195 )B106 - 195
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 196 through 244 )B196 - 244
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 245 through 320 )B245 - 320
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 321 through 351 )B321 - 351
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 352 through 467 )B352 - 467
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid -2 through 33 )C-2 - 33
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 34 through 65 )C34 - 65
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 66 through 236 )C66 - 236
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 237 through 275 )C237 - 275
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 276 through 320 )C276 - 320
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 321 through 351 )C321 - 351
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 352 through 467 )C352 - 467
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 2 through 33 )D2 - 33
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 34 through 65 )D34 - 65
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 66 through 195 )D66 - 195
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 196 through 244 )D196 - 244
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 245 through 275 )D245 - 275
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 276 through 320 )D276 - 320
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 321 through 351 )D321 - 351
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 352 through 390 )D352 - 390
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 391 through 467 )D391 - 467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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