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万見
- PDB-1zm0: Crystal Structure of the Carboxyl Terminal PH Domain of Pleckstri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zm0
タイトルCrystal Structure of the Carboxyl Terminal PH Domain of Pleckstrin To 2.1 Angstroms
要素Pleckstrin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / PH DOMAIN / BETA SANDWICH / PLECKSTRIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / protein secretion by platelet / regulation of cell diameter / thrombin-activated receptor signaling pathway / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of actin filament depolymerization / protein kinase C signaling / platelet degranulation / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphatidylinositol metabolic process ...positive regulation of inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / protein secretion by platelet / regulation of cell diameter / thrombin-activated receptor signaling pathway / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of actin filament depolymerization / protein kinase C signaling / platelet degranulation / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphatidylinositol metabolic process / positive regulation of integrin activation / positive regulation of actin filament bundle assembly / cell projection organization / ruffle organization / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / negative regulation of calcium-mediated signaling / vesicle docking involved in exocytosis / positive regulation of platelet activation / cortical actin cytoskeleton organization / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / integrin-mediated signaling pathway / protein kinase C binding / platelet aggregation / ruffle membrane / Platelet degranulation / actin cytoskeleton organization / protein homodimerization activity / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pleckstrin, DEP domain / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. ...Pleckstrin, DEP domain / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jackson, S.G. / Zhang, Y. / Zhang, K. / Summerfield, R. / Haslam, R.J. / Junop, M.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of the carboxy-terminal PH domain of pleckstrin at 2.1 Angstroms.
著者: Jackson, S.G. / Zhang, Y. / Bao, X. / Zhang, K. / Summerfield, R. / Haslam, R.J. / Junop, M.S.
履歴
登録2005年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleckstrin
B: Pleckstrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0422
ポリマ－26,0422
非ポリマー00
水2,936163
1
A: Pleckstrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0211
ポリマ－13,0211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pleckstrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0211
ポリマ－13,0211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Pleckstrin

A: Pleckstrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0422
ポリマ－26,0422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.572, 54.572, 148.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細Biological unit is one monomer of the observed dimer in the asymmetric unit. Determined by analytical ultracentrifugation.

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要素

#1: タンパク質 Pleckstrin / Platelet p47 protein


分子量: 13020.819 Da / 分子数: 2 / 断片: PH2 Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEK, P47 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08567
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.106 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.495 %
結晶化温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 0.1 M Tris, 0.05 M magnesium acetate, 6.0% glycerol, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Yale MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. all: 13038 / Num. obs: 13038 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / Biso Wilson estimate: 38.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.209
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / % possible obs: 70.5 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 3.24 / Num. measured obs: 459 / Num. unique all: 459 / Rsym value: 0.147 / Χ2: 0.798 / % possible all: 70.5

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.657 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.461
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å44.11 Å
Translation3 Å44.11 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→25 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 898 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 914 6.6 %Random
Rwork0.236 ---
all0.244 13038 --
obs0.236 12111 87.8 %-
溶媒の処理Bsol: 81.695 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 50.129 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.365 Å20 Å20 Å2
2---5.365 Å20 Å2
3---10.73 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1562 0 0 163 1725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.34
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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