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- PDB-1zkz: Crystal Structure of BMP9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zkz
タイトルCrystal Structure of BMP9
要素Growth/differentiation factor 2
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / glycoprotein / growth factor / cytokine / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of cartilage development / positive regulation of endothelial cell differentiation / positive regulation of bicellular tight junction assembly / Signaling by BMP / cellular response to BMP stimulus / activin receptor signaling pathway / positive regulation of BMP signaling pathway / cartilage development / blood vessel morphogenesis ...positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of cartilage development / positive regulation of endothelial cell differentiation / positive regulation of bicellular tight junction assembly / Signaling by BMP / cellular response to BMP stimulus / activin receptor signaling pathway / positive regulation of BMP signaling pathway / cartilage development / blood vessel morphogenesis / negative regulation of endothelial cell migration / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of DNA replication / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / vasculogenesis / BMP signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / protein serine/threonine kinase activator activity / negative regulation of angiogenesis / ossification / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / growth factor activity / negative regulation of cell growth / osteoblast differentiation / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / intracellular iron ion homeostasis / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Brown, M.A. / Zhao, Q. / Baker, K.A. / Naik, C. / Chen, C. / Pukac, L. / Singh, M. / Tsareva, T. / Parice, Y. / Mahoney, A. ...Brown, M.A. / Zhao, Q. / Baker, K.A. / Naik, C. / Chen, C. / Pukac, L. / Singh, M. / Tsareva, T. / Parice, Y. / Mahoney, A. / Roschke, V. / Sanyal, I. / Choe, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of BMP-9 and functional interactions with pro-region and receptors
著者: Brown, M.A. / Zhao, Q. / Baker, K.A. / Naik, C. / Chen, C. / Pukac, L. / Singh, M. / Tsareva, T. / Parice, Y. / Mahoney, A. / Roschke, V. / Sanyal, I. / Choe, S.
履歴
登録2005年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1031
ポリマ－12,1031
非ポリマー00
水72140
1
A: Growth/differentiation factor 2

A: Growth/differentiation factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2062
ポリマ－24,2062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554-x+1/2,y,-z-1/41
Buried area2650 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.234, 71.234, 144.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細The biological assembly is a homodimer.

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要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 2 / GDF-2 / Bone morphogenetic protein 9 / BMP-9


分子量: 12102.971 Da / 分子数: 1 / 断片: Growth/differentiation factor 2, residues 320-429 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF2, BMP9 / プラスミド: pC4
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-DG44 / 組織 (発現宿主): ovary cells / 参照: UniProt: Q9UK05
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.6 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1-1.2 M Sodium Chloride, 7-10 mM Hexadecyltrimethylammonium Bromide 10 mM Magnesium Chloride, pH 7.5, temperature 296K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月21日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→23.8 Å / Num. all: 8346 / Num. obs: 8142 / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID
2.32-2.411.30.3571
2.4-2.512.70.3281
2.5-2.6113.70.271
2.61-2.7514.10.1921
2.75-2.9214.30.1451
2.92-3.1514.20.0991
3.15-3.4714.20.0821
3.47-3.9713.90.081
3.97-513.50.071
5-5012.60.0451

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Translation2.5 Å25.152 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BMP

3bmp


解像度: 2.33→23.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.801 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27181 392 4.7 %RANDOM
Rwork0.23074 ---
obs0.23254 7954 99.52 %-
all-8346 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.434 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å20 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→23.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数831 0 0 40 871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022857
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8661.9621165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2345106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91124.06232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.33815143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.867152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.02638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.239
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3660.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4651.5534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4032866
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.063323
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4394.5299
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.387 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 25 -
Rwork0.239 574 -
obs--96.77 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.596913.2237-31.0303745
212.260312.9723-10.0131
321.595517.8092-9.55
46.90161.7012-35.5279
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 344 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2AA35 - 5435 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3AA55 - 7855 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4AA79 - 10879 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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