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- PDB-1zkm: Structural Analysis of Escherichia Coli ThiF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zkm
タイトルStructural Analysis of Escherichia Coli ThiF
要素Adenylyltransferase thiF
キーワードTRANSFERASE / ThiF / ThiS / MoeB / Ubiquitin / Rossmann Fold / P-Loop / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur carrier protein ThiS adenylyltransferase / adenylyltransferase complex / thiazole biosynthetic process / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sulfurtransferase complex / AMPylase activity / sulfotransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process ...sulfur carrier protein ThiS adenylyltransferase / adenylyltransferase complex / thiazole biosynthetic process / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sulfurtransferase complex / AMPylase activity / sulfotransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiazole biosynthesis adenylyltransferase ThiF / ThiF/MoeB/HesA family / Ubiquitin-activating enzyme / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulfur carrier protein ThiS adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Duda, D.M. / Walden, H. / Sfondouris, J. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Analysis of Escherichia Coli ThiF.
著者: Duda, D.M. / Walden, H. / Sfondouris, J. / Schulman, B.A.
履歴
登録2005年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN ZN 240 IS ASSOCIATED WITH CHAIN A. ZN 241 IS ASSOCIATED WITH CHAIN B. ZN 242 IS ...HETEROGEN ZN 240 IS ASSOCIATED WITH CHAIN A. ZN 241 IS ASSOCIATED WITH CHAIN B. ZN 242 IS ASSOCIATED WITH CHAIN C. ZN 243 IS ASSOCIATED WITH CHAIN D.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylyltransferase thiF
B: Adenylyltransferase thiF
C: Adenylyltransferase thiF
D: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8058
ポリマ－108,5434
非ポリマー2624
水00
1
A: Adenylyltransferase thiF
B: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4024
ポリマ－54,2722
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17610 Å2
手法PISA
2
C: Adenylyltransferase thiF
D: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4024
ポリマ－54,2722
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
3
A: Adenylyltransferase thiF
B: Adenylyltransferase thiF
C: Adenylyltransferase thiF
D: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子

A: Adenylyltransferase thiF
B: Adenylyltransferase thiF
C: Adenylyltransferase thiF
D: Adenylyltransferase thiF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,61016
ポリマ－217,0878
非ポリマー5238
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_555-y+1/4,-x+1/4,-z+1/41
Buried area29540 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area63140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)360.168, 360.168, 360.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
詳細The Biological Unit is comprised of a ThiF homodimer consisting of either A/B or C/D.

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要素

#1: タンパク質
Adenylyltransferase thiF


分子量: 27135.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: thiF / プラスミド: pGEX4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P30138, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium Acetate, MES, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.2826, 1.2821, 1.2500
シンクロトロンNSLS X2521.1
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年3月15日Pt-coated toroidal Si mirror for horizontal and vertical focussing followed by double flat Si crystal monochromator
ADSC QUANTUM 3152CCD2004年3月15日Pt-coated toroidal Si mirror for horizontal and vertical focussing followed by double flat Si crystal monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double flat Si crystal monochromatorMADMx-ray1
2double flat Si crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28261
21.28211
31.251
41.11
反射解像度: 2.95→20 Å / Num. obs: 46923 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 2.95 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.95→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.28 2038 random
Rwork0.229 --
all-42346 -
obs-40926 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7185 0 4 0 7189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007943
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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