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- PDB-1zhs: Crystal structure of MVL bound to Man3GlcNAc2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zhs
タイトルCrystal structure of MVL bound to Man3GlcNAc2
要素mannan-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / MVL / HIV-1 / carbohydrate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / metabolic process / carbohydrate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #230 / Mannan-binding protein / Mannan-binding protein / Dna Ligase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / Lectin MVL
類似検索 - 構成要素
生物種Microcystis viridis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Williams, D.C. / Lee, J.Y. / Cai, M. / Bewley, C.A. / Clore, G.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of the HIV-1 Inhibitory Cyanobacterial Protein MVL Free and Bound to Man3GlcNAc2: STRUCTURAL BASIS FOR SPECIFICITY AND HIGH-AFFINITY BINDING TO THE CORE ...タイトル: Crystal Structures of the HIV-1 Inhibitory Cyanobacterial Protein MVL Free and Bound to Man3GlcNAc2: STRUCTURAL BASIS FOR SPECIFICITY AND HIGH-AFFINITY BINDING TO THE CORE PENTASACCHARIDE FROM N-LINKED OLIGOMANNOSIDE.
著者: Williams, D.C. / Lee, J.Y. / Cai, M. / Bewley, C.A. / Clore, G.M.
履歴
登録2005年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mannan-binding lectin
B: mannan-binding lectin
C: mannan-binding lectin
D: mannan-binding lectin
E: mannan-binding lectin
F: mannan-binding lectin
G: mannan-binding lectin
H: mannan-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,33452
ポリマ－97,9578
非ポリマー16,37744
水11,584643
1
A: mannan-binding lectin
B: mannan-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,56713
ポリマ－24,4892
非ポリマー4,07811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: mannan-binding lectin
D: mannan-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,44311
ポリマ－24,4892
非ポリマー3,9549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: mannan-binding lectin
F: mannan-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,60013
ポリマ－24,4892
非ポリマー4,11111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: mannan-binding lectin
H: mannan-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,72415
ポリマ－24,4892
非ポリマー4,23513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.783, 73.740, 78.863
Angle α, β, γ (deg.)90.45, 98.45, 108.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
mannan-binding lectin / MVL


分子量: 12244.663 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microcystis viridis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 6692806, UniProt: Q9RHG4*PLUS
#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.312 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: Ammonium dihydrogen phosphate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 93257 / Num. obs: 85237 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 6341 / % possible all: 68.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 697430.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 4222 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all-93157 --
obs-83112 89.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.9865 Å2 / ksol: 0.390405 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0.39 Å22.86 Å2
2---5.58 Å20.77 Å2
3---5.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6920 0 1106 643 8669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.612.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 569 5 %
Rwork0.237 10716 -
obs-10797 72.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5egl.paregl.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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