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万見
- PDB-2l90: Solution structure of murine myristoylated msrA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l90
タイトルSolution structure of murine myristoylated msrA
要素Peptide methionine sulfoxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein repair / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / actin cytoskeleton / cellular response to oxidative stress / midbody / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane ...Protein repair / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / actin cytoskeleton / cellular response to oxidative stress / midbody / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide Methionine Sulfoxide Reductase; Chain A / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Mitochondrial peptide methionine sulfoxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average, model 1
Model type detailsminimized average
データ登録者Gruschus, J.M. / Lim, J. / Piszczek, G. / Levine, R.L. / Tjandra, N.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Characterization and solution structure of mouse myristoylated methionine sulfoxide reductase A.
著者: Lim, J.C. / Gruschus, J.M. / Ghesquiere, B. / Kim, G. / Piszczek, G. / Tjandra, N. / Levine, R.L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: A Low pKa cysteine at the active site of mouse methionine sulfoxide reductase A.
著者: Lim, J.C. / Gruschus, J.M. / Kim, G. / Berlett, B.S. / Tjandra, N. / Levine, R.L.
履歴
登録2011年1月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Other
改定 1.22012年8月1日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide methionine sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9082
ポリマ－23,6801
非ポリマー2281
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 200
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Peptide methionine sulfoxide reductase / Peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / Peptide Met(O) reductase / Protein-methionine-S-oxide ...Peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / Peptide Met(O) reductase / Protein-methionine-S-oxide reductase / PMSR


分子量: 23679.570 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 22-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Msra / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9D6Y7, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-13C HSQC aliphatic
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB

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試料調製

詳細内容: 0.3 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] msrA, 5 mM DTT, 50 mM TRIS, 5 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMmsrA-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
5 mMDTT-21
50 mMTRIS-31
5 mMEDTA-41
試料状態pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR_NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR_NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The authors state that the distortion around Cys206 CA in model 1 is a manifestation of the averaging, reflecting that local flexibility often cannot be accurately represented as a single structure.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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