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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zgo | |||||||||
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タイトル | High Resolution Crystal Structure of the Discosoma Red Fluorescent Protein (DsRed) | |||||||||
![]() | Red fluorescent protein drFP583 | |||||||||
![]() | LUMINESCENT PROTEIN / RFP / red / fluorescent protein / DsRed / drFP583 / chromophore / GFP / coral / beta barrel / beta can | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tubbs, J.L. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic structures of discosoma red fluorescent protein with immature and mature chromophores: linking Peptide bond trans-cis isomerization and acylimine formation in chromophore maturation. 著者: Tubbs, J.L. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE RESIDUES GLN 66, TYR 67, GLY 68 ARE MODIFIED TO MAKE THE CHROMOPHORE CRQ 66. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 383 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 314.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25948.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET15 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.34 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: MPD, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(220); cylindrically bent プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→40 Å / Num. all: 153198 / Num. obs: 148353 / % possible obs: 96.8 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.357 / % possible all: 93.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: The Phe 65-Crq 66 peptide bond has been refined as a mixture of two conformations: the standard trans conformation and the cis conformation, unique to the mature DsRed chromophore.
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Refine analyze | Num. disordered residues: 16 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 7683.85 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→40 Å
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拘束条件 |
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