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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zfv | ||||||
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タイトル | The structure of an all-RNA minimal Hairpin Ribozyme with Mutation G8A at the cleavage site | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA (リボ核酸) / HAIRPIN RIBOZYME (ヘアピンリボザイム) / ALL-RNA / COBALT HEXAAMINE / MUTATION (突然変異) / JUNCTIONLESS / LOW SALT / S-TURN / E-LOOP / RIBOSE ZIPPER / CATALYTIC RNA (リボザイム) | ||||||
機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / リボ核酸 / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wedekind, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: Water in the Active Site of an All-RNA Hairpin Ribozyme and Effects of Gua8 Base Variants on the Geometry of Phosphoryl Transfer. 著者: Salter, J. / Krucinska, J. / Alam, S. / Grum-Tokars, V. / Wedekind, J.E. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Crystallization and x-ray diffraction analysis of an all-RNA U39C mutant of the minimal hairpin ribozyme 著者: Grum-Tokars, V. / Milovanovic, M. / Wedekind, J.E. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 2001 タイトル: Functional involvement of G8 in the hairpin ribozyme cleavage mechanism 著者: Pinard, R. / Hampel, K.J. / Heckman, J.E. / Lambert, D. / Chan, P.A. / Major, F. / Burke, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zfv.cif.gz | 45.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zfv.ent.gz | 32.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zfv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/1zfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/1zfv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit comprises strands A, B, C and D, which form the biological unit |
-要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD
#1: RNA鎖 | 分子量: 4052.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Derived from Satellite Tobacco Ringspot Virus |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3954.448 Da / 分子数: 1 / Mutation: G8A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Derived from Satellite Tobacco Ringspot Virus |
#3: RNA鎖 | 分子量: 5535.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Derived from Satellite Tobacco Ringspot Virus |
#4: RNA鎖 | 分子量: 5991.568 Da / 分子数: 1 / Mutation: U39C / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Derived from Satellite Tobacco Ringspot Virus |
-非ポリマー , 3種, 36分子
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
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#6: 化合物 | ChemComp-NCO / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 2000 MME, LITHIUM SULFATE, SPERMIDINE, COBALT HEXAAMINE , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月29日 詳細: BENT TRIANGULAR ASYMMETRIC CUT SI(111) MONOCHROMATOR (PROVIDES HORIZONTAL FOCUSING), RH-COATED SI MIRROR FOR VERTICAL FOCUSSING |
放射 | モノクロメーター: BENT TRIANGULAR ASYMMETRIC CUT SI(111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→44 Å / Num. obs: 13112 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 74.3 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 27.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 11 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.428 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1ZFR 1zfr 解像度: 2.4→43.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1305392.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -5 / 立体化学のターゲット値: CNS / 詳細: MLI TARGET USED THROUGHOUT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.2932 Å2 / ksol: 0.349546 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 4
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Xplor file |
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