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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zfl | ||||||
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タイトル | Solution structure of III-A, the major intermediate in the oxidative folding of leech carboxypeptidase inhibitor | ||||||
要素 | Metallocarboxypeptidase inhibitor | ||||||
キーワード | HYDROLASE INHIBITOR / carboxypeptidase inhibitor / folding intermediate / oxidative folding / four-stranded antiparallel beta-sheet | ||||||
機能・相同性 | Carboxypeptidase inhibitor / Proteinase inhibitor I46, leech metallocarboxypeptidase inhibitor / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / peptidase inhibitor activity / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Metallocarboxypeptidase inhibitor 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hirudo medicinalis (医用ビル) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Arolas, J.L. / D'Silva, L. / Popowicz, G.M. / Aviles, F.X. / Holak, T.A. / Ventura, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2005 タイトル: NMR structural characterization and computational predictions of the major intermediate in oxidative folding of leech carboxypeptidase inhibitor 著者: Arolas, J.L. / D'Silva, L. / Popowicz, G.M. / Aviles, F.X. / Holak, T.A. / Ventura, S. #1: ジャーナル: NAT.STRUCT.MOL.BIOL. / 年: 2000 タイトル: Structure of a novel leech carboxypeptidase inhibitor determined free in solution and in complex with human carboxypeptidase A2 著者: Reverter, D. / Fernandez-Catalan, C. / Baumgartner, R. / Pfander, R. / Huber, R. / Bode, W. / Vendrell, J. / Holak, T.A. / Aviles, F.X. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Role of kinetic intermediates in the folding of leech carboxypeptidase inhibitor 著者: Arolas, J.L. / Bronsoms, S. / Lorenzo, J. / Aviles, F.X. / Chang, J.Y. / Ventura, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zfl.cif.gz | 381.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zfl.ent.gz | 328.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zfl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/1zfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/1zfl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7397.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The III-A intermediate, containing three native disulfide bonds, has been directly isolated from the oxidative folding reaction of the leech carboxypeptidase inhibitor (LCI; four disulfide bonds) 由来: (組換発現) Hirudo medicinalis (医用ビル) / プラスミド: pBAT4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P81511 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: amide proton exchange experiments were carried out |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 20mM phosphate buffer / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |