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- PDB-1dtd: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE LEECH CARBOXYPEPTIDA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dtd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE LEECH CARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR AND THE HUMAN CARBOXYPEPTIDASE A2 (LCI-CPA2)
要素
  • CARBOXYPEPTIDASE A2
  • METALLOCARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Carboxypeptidase A2 / Leech Carboxypeptidase Inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase A2 / protein catabolic process in the vacuole / peptidase inhibitor activity / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / vacuole / carboxypeptidase activity / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase inhibitor / Proteinase inhibitor I46, leech metallocarboxypeptidase inhibitor / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept ...Carboxypeptidase inhibitor / Proteinase inhibitor I46, leech metallocarboxypeptidase inhibitor / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Aminopeptidase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / Carboxypeptidase A2 / Metallocarboxypeptidase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Reverter, D. / Fernandez-Catalan, C. / Bode, W. / Holak, T.A. / Aviles, F.X.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of a novel leech carboxypeptidase inhibitor determined free in solution and in complex with human carboxypeptidase A2.
著者: Reverter, D. / Fernandez-Catalan, C. / Baumgartner, R. / Pfander, R. / Huber, R. / Bode, W. / Vendrell, J. / Holak, T.A. / Aviles, F.X.
履歴
登録2000年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOXYPEPTIDASE A2
B: METALLOCARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6614
ポリマ－40,4492
非ポリマー2132
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area14110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.439, 80.439, 114.464
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 CARBOXYPEPTIDASE A2


分子量: 33660.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48052, peptidyl-dipeptidase A
#2: タンパク質 METALLOCARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR


分子量: 6787.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P81511
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: ammonium phosphate, sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4, 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
PH range low: 8.5 / PH range high: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-15 mg/mlprotein1drop
20.1 M1dropNaCl
310 mMTris-HCl1drop
41.0 Mammonium phosphate1reservoir
50.1 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 433570 / Num. obs: 52605 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 80
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Num. unique all: 3567 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Num. measured all: 433570
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化解像度: 1.65→12 Å / σ(F): 2 / σ(I): 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 5674 -
Rwork0.187 --
all0.187 48798 -
obs0.187 433567 98 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2843 0 11 231 3085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.24
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.08
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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