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万見
- PDB-1zfi: Solution structure of the leech carboxypeptidase inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zfi
タイトルSolution structure of the leech carboxypeptidase inhibitor
要素Metallocarboxypeptidase inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / carboxypeptidase inhibitor / five-stranded antiparallel beta-sheet / one short alpha-helix
機能・相同性Carboxypeptidase inhibitor / Proteinase inhibitor I46, leech metallocarboxypeptidase inhibitor / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / peptidase inhibitor activity / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Metallocarboxypeptidase inhibitor
機能・相同性情報
生物種Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Arolas, J.L. / D'Silva, L. / Popowicz, G.M. / Aviles, F.X. / Holak, T.A. / Ventura, S.
引用
ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2005
タイトル: NMR structural characterization and computational predictions of the major intermediate in oxidative folding of leech carboxypeptidase inhibitor
著者: Arolas, J.L. / D'Silva, L. / Popowicz, G.M. / Aviles, F.X. / Holak, T.A. / Ventura, S.
#1: ジャーナル: NAT.STRUCT.MOL.BIOL. / 年: 2000
タイトル: Structure of a novel leech carboxypeptidase inhibitor determined free in solution and in complex with human carboxypeptidase A2
著者: Reverter, D. / Fernandez-Catalan, C. / Baumgartner, R. / Pfander, R. / Huber, R. / Bode, W. / Vendrell, J. / Holak, T.A. / Aviles, F.X.
履歴
登録2005年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallocarboxypeptidase inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3971
ポリマ－7,3971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #18closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Metallocarboxypeptidase inhibitor / Leech carboxypeptidase inhibitor / LCI / inhibitor of A/B metallocarboxypeptidases


分子量: 7397.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hirudo medicinalis (医用ビル) / プラスミド: pBAT4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P81511
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1313D 15N-separated NOESY
1411H-15N HSQC
1521H-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: amide proton exchange experiments were carried out

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM 15N-labeled leech carboxypeptidase inhibitor; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM 15N-labeled leech carboxypeptidase inhibitor; 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 20mM phosphate buffer / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMRBruker softwarecollection
SparkySPARKY 3Bruker software解析
SparkySPARKY 3Goddard and Knellerデータ解析
CNSBrunger構造決定
CNSBrunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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