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- PDB-1z14: Structural Determinants of Tissue Tropism and In Vivo Pathogenici... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z14
タイトルStructural Determinants of Tissue Tropism and In Vivo Pathogenicity for the Parvovirus Minute Virus of Mice
要素VP2
キーワードVIRUS / Minute virus of Mice / prototype strain / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Minute virus of mice (マウス微小ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Kontou, M. / Govindasamy, L. / Nam, H.J. / Bryant, N. / Llamas-Saiz, A.L. / Foces-Foces, C. / Hernando, E. / Rubio, M.P. / McKenna, R. / Almendral, J.M. / Agbandje-McKenna, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2005
タイトル: Structural determinants of tissue tropism and in vivo pathogenicity for the parvovirus minute virus of mice.
著者: Kontou, M. / Govindasamy, L. / Nam, H.J. / Bryant, N. / Llamas-Saiz, A.L. / Foces-Foces, C. / Hernando, E. / Rubio, M.P. / McKenna, R. / Almendral, J.M. / Agbandje-McKenna, M.
履歴
登録2005年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年4月19日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / diffrn_source / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE the authors state that the this difference between the crystal coordinates and GenBank ...SEQUENCE the authors state that the this difference between the crystal coordinates and GenBank sequence database is due to an error in the deposited GenBank sequence or a possible difference in an earlier variant of the virus. Residue 276 is a proline.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2461
ポリマ－61,2461
非ポリマー00
水2,180121
1
A: VP2
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,674,76460
ポリマ－3,674,76460
非ポリマー00
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 306 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,2305
ポリマ－306,2305
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 367 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,4766
ポリマ－367,4766
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: VP2
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.67 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,674,76460
ポリマ－3,674,76460
非ポリマー00
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
transform to crystal frame1
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)448.700, 416.500, 306.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.31417082, -0.83621016, 0.44949901), (0.77346317, 0.5, 0.38955696), (-0.55050099, 0.22528352, 0.80386316)
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4generate(-0.7955241, 0.4152797, -0.44123031), (-0.57955311, -0.30901699, 0.75407332), (0.17680368, 0.85560001, 0.48650712)
5generate(0.31417082, 0.77346326, -0.55050099), (-0.83621005, 0.5, 0.22528349), (0.449499, 0.38955701, 0.80386317)
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20generate(0.32823628, 0.35818357, 0.87405119), (-0.35818352, -0.80901699, 0.46604294), (0.87405119, -0.466043, -0.13725328)
21generate(-0.10100199, 0.99483289, -0.01030765), (-0.10152659, 0.99483276), (0.98969235, 0.1015266, 0.10100199)
22generate(0.74340909, 0.57955319, 0.33385785), (-0.57955311, 0.30901699, 0.75407332), (0.33385784, -0.75407341, 0.56560789)
23generate(0.49803141, -0.25665697, 0.82830666), (-0.35818352, 0.80901699, 0.46604294), (-0.78972733, -0.52878989, 0.31098558)
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52generate(-0.76787896, 0.10280321, -0.63229207), (-0.57955311, 0.30901699, 0.75407332), (0.27291015, 0.945484, -0.17770773)-15.732, 208.188, 152.239
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54generate(0.93254474, -0.06353587, -0.35542), (0.25665693, 0.80901699, 0.52878982), (0.2539437, -0.58434124, 0.77075146)-15.732, 208.188, 152.239
55generate(0.43949474, -0.89164159, 0.10871804), (0.41527965, 0.30901699, 0.8555999), (-0.79648418, -0.33088332, 0.50609195)-15.732, 208.188, 152.239
56generate(0.6114249, -0.78883839, 0.06239831), (0.10152659, -0.99483276), (0.78476227, 0.61460068, 0.08008807)-15.732, 208.188, 152.239
57generate(-0.4523959, -0.89164159, 0.01769711), (0.57955311, -0.30901699, -0.75407332), (0.67783184, -0.33088332, 0.65655169)-15.732, 208.188, 152.239
58generate(-0.84152379, -0.06353587, -0.53647065), (0.35818352, -0.80901699, -0.46604294), (-0.40440343, -0.58434124, 0.70356455)-15.732, 208.188, 152.239
59generate(-0.01819725, 0.55106481, -0.83426395), (-0.25665693, -0.80901699, -0.52878982), (-0.96633118, 0.20449713, 0.15615649)-15.732, 208.188, 152.239
60generate(0.87977442, 0.10280321, -0.46414258), (-0.41527965, -0.30901699, -0.8555999), (-0.23138636, 0.945484, -0.22917317)-15.732, 208.188, 152.239

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要素

#1: タンパク質 VP2


分子量: 61246.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Minute virus of mice (マウス微小ウイルス)
属: Parvovirus / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): prototype strain / 参照: UniProt: Q84367
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 30

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試料調製

結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10mM Tris-HCL, 8 mM CaCl2, PEG8000 and virus 10 mgs/ml, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12951
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSRS PX9.610.87
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X3121.071
検出器
タイプID検出器
MARRESEARCH1IMAGE PLATE
ADSC QUANTUM 42CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.871
21.0711
反射解像度: 3.25→20 Å / Num. all: 557706 / Num. obs: 517599 / % possible obs: 64.2 % / Rmerge(I) obs: 0.162

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: canine parvovirus model

解像度: 3.25→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.306 -random
Rwork0.298 --
all-557706 -
obs-517599 -
原子変位パラメータBiso mean: 20.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4317 0 0 121 4438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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