PDB-1yyx: The solution structure of a redesigned apocytochrome B562 (Rd-apo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yyx

タイトル

The solution structure of a redesigned apocytochrome B562 (Rd-apocyt b562) at 2.8M urea

要素

Redesigned apo-cytochrome b562

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Rd-apocyt b562 / intermediates / hydrophobic interactions / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC

機能・相同性

Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, matrix relaxation, torsion angle dynamics

データ登録者

Feng, H. / Vu, N. / Bai, Y. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Detection and structure determination of an equilibrium unfolding intermediates of Rd-apocytochrome b562: native fold with non-native hydrophobic interactions
著者: Feng, H. / Vu, N. / Bai, Y.

履歴

登録	2005年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yyx.cif.gz	482.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yyx.ent.gz	399.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yyx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yyx_validation.pdf.gz	342.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yyx_full_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示
XML形式データ	1yyx_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	1yyx_validation.cif.gz	53.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/1yyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/1yyx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rac 1yyj
類似構造データ	5lw8-d 6t3o-d 1faz-d 1it5-d 2lc3-d 4m8v-1 4j1p-d 4g4f-d 3lrg-1 3vtt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Redesigned apo-cytochrome b562

11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 100
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	Redesigned apo-cytochrome b562 分子量: 11729.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D HSQC
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	3D 13C-separated NOESY
1	4	1	HNHA
1	5	1	3D HN(CA)CB, 3D CBCA(CO)NH,
1	6	1	3D HAHBCONH, 3D HNCO, 2D NOESY
1	7	2	2D NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	溶媒系
1	50mM sodium acetate, 92.5% H2O, 7.5% D2O
2	buffer, 99% D2O

試料状態

pH: 4.84 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	5.0.4	Delaglio, F.	解析
X-PLOR	NIH-2.9		構造決定
X-PLOR	NIH-2.9		精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, matrix relaxation, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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