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- PDB-1yws: Solution structure of YBL071w-A from Saccharomyces cerevisiae. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yws
タイトルSolution structure of YBL071w-A from Saccharomyces cerevisiae.
要素protein YBL071w-A
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Zinc finger / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Ontario Centre for Structural Proteomics
機能・相同性
機能・相同性情報


2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / iron chaperone activity / protein histidyl modification to diphthamide / tRNA wobble uridine modification / ferrous iron binding / iron ion binding / zinc ion binding ...2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / iron chaperone activity / protein histidyl modification to diphthamide / tRNA wobble uridine modification / ferrous iron binding / iron ion binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Diphthamide biosynthesis protein 3/4-like / Microbial ribonuclease fold / DPH Zinc finger / DPH-type metal-binding domain / DPH-type metal-binding domain superfamily / CSL zinc finger / DPH-type metal-binding (MB) domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Diphthamide biosynthesis protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lukin, J.A. / Guido, V. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Solution structure of YBL071w-A from Saccharomyces cerevisiae
著者: Lukin, J.A. / Guido, V. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2005年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein YBL071w-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4262
ポリマ－9,3601
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #19closest to the average

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要素

#1: タンパク質 protein YBL071w-A


分子量: 9360.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YBL071w-A, KTI11 / プラスミド: PET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) GOLD MAGIC / 参照: GenBank: 21648335, UniProt: Q3E840*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM YBL071w-A, U-15N, U-13C; 450mM NaCl, 1mM benzamidine, 0.01% NaN3, 10mM MOPS, 0.01mM ZnSO4, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM YBL071w-A, U-15N, U-13C; 450mM NaCl, 1mM benzamidine, 0.01% NaN3, 10mM MOPS, 0.01mM ZnSO4, 99.9% D2O99.9% D2O
試料状態イオン強度: 450mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1Delaglio, F.解析
CYANA2Guentert, P. et al.構造決定
CNS1.1Brunger, A. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 100 structures were calculated by CYANA 2.0 using 1294 NOE-derived distance constraints, 122 dihedral angle constraints, and 54 distance constraints from hydrogen bonds. The 20 structures ...詳細: 100 structures were calculated by CYANA 2.0 using 1294 NOE-derived distance constraints, 122 dihedral angle constraints, and 54 distance constraints from hydrogen bonds. The 20 structures with lowest target functions were subjected to refinement with CNS 1.1.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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