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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yts | ||||||
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タイトル | A LIGAND-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGE IN THE YERSINIA PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE | ||||||
![]() | YERSINIA PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Schubert, H.L. / Stuckey, J.A. / Fauman, E.B. / Dixon, J.E. / Saper, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A ligand-induced conformational change in the Yersinia protein tyrosine phosphatase. 著者: Schubert, H.L. / Fauman, E.B. / Stuckey, J.A. / Dixon, J.E. / Saper, M.A. #1: ![]() タイトル: Dissecting the Catalytic Mechanism of Protein-Tyrosine Phosphatases 著者: Zhang, Z.-Y. / Wang, Y. / Dixon, J.E. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Yersinia Protein Tyrosine Phosphatase at 2.5 Angstroms and the Complex with Tungstate 著者: Stuckey, J.A. / Schubert, H.L. / Fauman, E.B. / Zhang, Z.-Y. / Dixon, J.E. / Saper, M.A. #3: ![]() タイトル: Expression, Purification, and Physicochemical Characterization of a Recombinant Yersinia Protein Tyrosine Phosphatase 著者: Zhang, Z.-Y. / Clemens, J.C. / Schubert, H.L. / Stuckey, J.A. / Fischer, M.W.F. / Hume, D.M. / Saper, M.A. / Dixon, J.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 380 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 387.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30631.664 Da / 分子数: 1 変異: CYS 235 REPLACED BY ARG, CYS 403 REPLACED BY SER, C235R, C403S 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: W22703 / 遺伝子: YOP51 / プラスミド: PT7-7 / 遺伝子 (発現宿主): YOP51 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | YERSINIA PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE. ONLY THE CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 163 - 468) WAS ...YERSINIA PROTEIN TYROSINE PHOSPHATAS | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / pH: 8.5 詳細: MOLECULE: YERSINIA PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE CYS(403)SER COMPLEXED WITH SULFATE. THE CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 163 - 468) OF YOP51 WAS CRYSTALLIZED AT 23 DEGREES CELSIUS, IN A SOLUTION OF ...詳細: MOLECULE: YERSINIA PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE CYS(403)SER COMPLEXED WITH SULFATE. THE CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 163 - 468) OF YOP51 WAS CRYSTALLIZED AT 23 DEGREES CELSIUS, IN A SOLUTION OF 18 - 24% POLYETHYLENE GLYCOL (MW 4000), 5% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 0.1% BETA-MERCAPTOETHANOL, 200MM LI2SO4, 0.1M TRIS-HCL, pH 8.5, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
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検出器 | 日付: 1992年7月30日 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 9156 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.49 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.082 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→10 Å /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |