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万見
- PDB-1ysh: Localization and dynamic behavior of ribosomal protein L30e -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ysh
タイトルLocalization and dynamic behavior of ribosomal protein L30e
要素
  • (ribosomal protein ...) x 2
  • 40S RIBOSOMAL PROTEIN S13
  • RNA (101-MER)
  • RNA (28-MER)
  • RNA (34-MER)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/RNA / STRUCTURAL PROTEIN / RNA / STRUCTURAL PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / nucleolus / RNA binding ...plastid / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain ...Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / Zinc-binding ribosomal protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Large ribosomal subunit protein eL43z / Large ribosomal subunit protein eL30 / 60S ribosomal protein L37a-1 / Small ribosomal subunit protein uS15z
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
Oryza sativa (イネ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Halic, M. / Becker, T. / Frank, J. / Spahn, C.M. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2005
タイトル: Localization and dynamic behavior of ribosomal protein L30e.
著者: Mario Halic / Thomas Becker / Joachim Frank / Christian M T Spahn / Roland Beckmann /
要旨: The ribosomal protein L30e is an indispensable component of the eukaryotic 80S ribosome, where it is part of the large (60S) ribosomal subunit. Here, we determined the localization of L30e in the ...The ribosomal protein L30e is an indispensable component of the eukaryotic 80S ribosome, where it is part of the large (60S) ribosomal subunit. Here, we determined the localization of L30e in the cryo-EM map of the 80S wheat germ (wg) ribosome at a resolution of 9.5 A. L30e is part of the interface between large and small subunits, where it dynamically participates in the formation of the two intersubunit bridges eB9 and B4.
履歴
登録2005年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / em_software / pdbx_entity_src_syn
Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1125
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (28-MER)
F: RNA (34-MER)
B: RNA (101-MER)
C: ribosomal protein L30
D: ribosomal protein L37a
E: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6326
ポリマ－82,6326
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 AFB

#1: RNA鎖 RNA (28-MER)


分子量: 9159.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (34-MER)


分子量: 11055.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA (101-MER)


分子量: 32985.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 CD

#4: タンパク質 ribosomal protein L30


分子量: 11512.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K9
#5: タンパク質 ribosomal protein L37a


分子量: 8003.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryza sativa (イネ) / 参照: UniProt: Q5QM99, UniProt: P0DKK1*PLUS

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タンパク質 , 1種, 1分子 E

#6: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S13


分子量: 9914.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryza sativa (イネ) / 参照: GenBank: 50940531, UniProt: Q69UI2*PLUS

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 80s wheat germ ribosome / タイプ: RIBOSOME
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: PLUNGED INTO ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2000年1月1日
詳細: SAMPLES WERE MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURES IN THE ELECTRON MICROSCOPE
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 38250 X / 倍率（補正後）: 38300 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 45000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 7000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 95 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 190

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解析

ソフトウェア名称: SPIDER / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: SPIDER / カテゴリ: ３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 21000 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.04 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.04 Å / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 9.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 9.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2059 3517 0 0 5576

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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