+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4egx | ||||||
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Title | Crystal structure of KIF1A CC1-FHA tandem | ||||||
Components | Kinesin-like protein KIF1A | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / FHA domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information neuronal dense core vesicle membrane / dense core granule cytoskeletal transport / anterograde neuronal dense core vesicle transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / regulation of dendritic spine development / cytoskeleton-dependent intracellular transport / regulation of dendritic spine morphogenesis / anterograde axonal transport / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity ...neuronal dense core vesicle membrane / dense core granule cytoskeletal transport / anterograde neuronal dense core vesicle transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / regulation of dendritic spine development / cytoskeleton-dependent intracellular transport / regulation of dendritic spine morphogenesis / anterograde axonal transport / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / kinesin complex / microtubule-based movement / neuronal dense core vesicle / cytoskeletal motor activity / axon cytoplasm / vesicle-mediated transport / microtubule binding / microtubule / axon / dendrite / synapse / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.51 Å | ||||||
Authors | Yu, J. / Huo, L. / Yue, Y. / Xu, T. / Zhang, M. / Feng, W. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2012 Title: The CC1-FHA Tandem as a Central Hub for Controlling the Dimerization and Activation of Kinesin-3 KIF1A Authors: Huo, L. / Yue, Y. / Ren, J. / Yu, J. / Liu, J. / Yu, Y. / Ye, F. / Xu, T. / Zhang, M. / Feng, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4egx.cif.gz | 287.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4egx.ent.gz | 235.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4egx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4egx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4egx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ejqC 3fm8S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20964.643 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: CC1-FHA tandem, UNP residues 430-607 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KIF1A, ATSV, C2orf20 / Plasmid: pET32a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q12756 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 44.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.8 Details: 18% (w/v) PEG 5000 MME, 8% (v/v) Tacsimate (pH 6.0), 0.1 M Bis-Tris, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 1, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. all: 25983 / Num. obs: 24084 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / % possible all: 97.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3FM8 Resolution: 2.51→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 24.207 / SU ML: 0.269 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 1.174 / ESU R Free: 0.352 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.229 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.51→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.511→2.576 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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