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万見
- EMDB-1125: Localization and dynamic behavior of ribosomal protein L30e. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1125
タイトルLocalization and dynamic behavior of ribosomal protein L30e.
マップデータ80s wheat germ ribosome
試料
  • 試料: 80s wheat germ ribosome
  • 複合体: 80s
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / nucleolus / RNA binding ...plastid / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain ...Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / Zinc-binding ribosomal protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein eL43z / Large ribosomal subunit protein eL30 / 60S ribosomal protein L37a-1 / Small ribosomal subunit protein uS15z
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum sp. (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Halic M
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2005
タイトル: Localization and dynamic behavior of ribosomal protein L30e.
著者: Mario Halic / Thomas Becker / Joachim Frank / Christian M T Spahn / Roland Beckmann /
要旨: The ribosomal protein L30e is an indispensable component of the eukaryotic 80S ribosome, where it is part of the large (60S) ribosomal subunit. Here, we determined the localization of L30e in the ...The ribosomal protein L30e is an indispensable component of the eukaryotic 80S ribosome, where it is part of the large (60S) ribosomal subunit. Here, we determined the localization of L30e in the cryo-EM map of the 80S wheat germ (wg) ribosome at a resolution of 9.5 A. L30e is part of the interface between large and small subunits, where it dynamically participates in the formation of the two intersubunit bridges eB9 and B4.
履歴
登録2005年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年5月2日-
マップ公開2007年5月2日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-1ysh
  • 表面レベル: 0.0003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1ysh
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1125.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1125.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈80s wheat germ ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 221 pix.
= 453.05 Å		2.05 Å/pix.
x 221 pix.
= 453.05 Å		2.05 Å/pix.
x 221 pix.
= 453.05 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.000155 / ムービー #1: 0.0003
最小 - 最大-0.000958881 - 0.00212884
平均 (標準偏差)0.0000263569 (±0.000171384)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-110-110-110
サイズ221221221
Spacing221221221
セルA=B=C: 453.05 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z221221221
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z453.050453.050453.050
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-220-220-220
NX/NY/NZ441441441
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-110-110-110
NC/NR/NS221221221
D min/max/mean-0.0010.0020.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 80s wheat germ ribosome

全体名称: 80s wheat germ ribosome
要素
  • 試料: 80s wheat germ ribosome
  • 複合体: 80s

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超分子 #1000: 80s wheat germ ribosome

超分子名称: 80s wheat germ ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: 80s

超分子名称: 80s / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 80s / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Triticum sp. (植物) / 別称: Bread wheat

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.6 µm
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: gg / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: spider

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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