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万見
- PDB-1yo5: Analysis of the 2.0A crystal structure of the protein-DNA complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yo5
タイトルAnalysis of the 2.0A crystal structure of the protein-DNA complex of human PDEF Ets domain bound to the prostate specific antigen regulatory site
要素
  • (Enhancer site of Prostate Specific Antigen Promoter Region) x 2
  • SAM pointed domain containing ets transcription factor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ETS / PROTEIN-DNA Complex / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell fate commitment / negative regulation of cell fate commitment / lung goblet cell differentiation / epithelial cell fate commitment / glandular epithelial cell development / intestinal epithelial cell development / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation ...positive regulation of cell fate commitment / negative regulation of cell fate commitment / lung goblet cell differentiation / epithelial cell fate commitment / glandular epithelial cell development / intestinal epithelial cell development / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / SAM pointed domain-containing Ets transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, Y. / Feng, L. / Said, M. / Balderman, S. / Fayazi, Z. / Liu, Y. / Ghosh, D. / Gulick, A.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Analysis of the 2.0 A Crystal Structure of the Protein-DNA Complex of the Human PDEF Ets Domain Bound to the Prostate Specific Antigen Regulatory Site
著者: Wang, Y. / Feng, L. / Said, M. / Balderman, S. / Fayazi, Z. / Liu, Y. / Ghosh, D. / Gulick, A.M.
履歴
登録2005年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhancer site of Prostate Specific Antigen Promoter Region
B: Enhancer site of Prostate Specific Antigen Promoter Region
C: SAM pointed domain containing ets transcription factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5303
ポリマ－19,5303
非ポリマー00
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.160, 71.476, 39.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.45, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 Enhancer site of Prostate Specific Antigen Promoter Region


分子量: 4046.645 Da / 分子数: 1 / 断片: Sense Strand of E site / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in humans. DNA substrate for protein is synthesized chemically and purified through chromatography
#2: DNA鎖 Enhancer site of Prostate Specific Antigen Promoter Region


分子量: 3895.563 Da / 分子数: 1 / 断片: Antisense Strand of E site / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in humans. DNA substrate for protein is synthesized chemically and purified through chromatography
#3: タンパク質 SAM pointed domain containing ets transcription factor


分子量: 11587.606 Da / 分子数: 1 / 断片: PDEF C-terminal Ets domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDEF / プラスミド: PET-GST-T-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (Lambda DE3) / 参照: UniProt: O95238
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 4000, Citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2Citrate11
3PEG 400012
4Citrate,12

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月9日 / 詳細: Osmic Max-FLUX confocal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.9 Å / Num. all: 11755 / Num. obs: 11176 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.74 % / Biso Wilson estimate: 25.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 85.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DUX

1dux


解像度: 2→35.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.742 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23889 561 4.8 %RANDOM
Rwork0.20321 ---
obs0.2049 11799 94.72 %-
all-11799 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.592 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.12 Å20 Å2-0.96 Å2
2---2.84 Å20 Å2
3----1.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数759 527 0 156 1442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3142.4371956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.223587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.84121.31638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.29315151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.731159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02851
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.2862
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6041.5459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0522712
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1531218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8174.51244
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 39 -
Rwork0.251 726 -
obs--84.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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