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万見
- PDB-1ym8: crystal structure of GZZ shows up puckering of the proline ring i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ym8
タイトルcrystal structure of GZZ shows up puckering of the proline ring in the Xaa position.
要素collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / collagen / triple helix / proline pucker
機能・相同性Saimiri transformation-associated protein / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / membrane / Saimiri transformation-associated protein
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Mizuno, K. / Bachinger, H.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of the collagen-like polypeptide (glycyl-4(R)-hydroxyprolyl-4(R)-hydroxyprolyl)9 at 1.55 A resolution shows up-puckering of the proline ring in the Xaa position.
著者: Schumacher, M. / Mizuno, K. / Bachinger, H.P.
履歴
登録2005年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp
B: collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp
G: collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp
D: collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp
E: collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp
F: collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4056
ポリマ－15,4056
非ポリマー00
水5,134285
1
A: collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp
B: collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp
G: collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7033
ポリマ－7,7033
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp
E: collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp
F: collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7033
ポリマ－7,7033
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)23.230, 28.580, 80.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.85, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細3 chains fold to from triple helix with 7/2 superhelix symmetry. There are two triple helices in the ASU

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
collagen gly-4(R)hyp-4(R)hyp


分子量: 2567.547 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized peptide using ABI 433A synthesizer / 参照: UniProt: Q80BK4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細COMPOUND XAA RESIDUES FOR 4(R)HYP ARE UP PUCKERED. 3 CHAINS FOLD TO FROM TRIPLE HELIX WITH 7/2 ...COMPOUND XAA RESIDUES FOR 4(R)HYP ARE UP PUCKERED. 3 CHAINS FOLD TO FROM TRIPLE HELIX WITH 7/2 SUPERHELIX SYMMETRY. THERE ARE TWO TRIPLE HELICES IN THE ASU ONE FORMED BY CHAINS A, B, G, THE OTHER BY CHAINS D, E, F

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: peg 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→39.88 Å / Num. all: 15444 / Num. obs: 15444 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rsym value: 0.035
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: 1K6F

1k6f


解像度: 1.55→39.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 626016.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1562 10.1 %RANDOM
Rwork0.235 ---
all0.2351 15444 --
obs0.2351 15422 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.7025 Å2 / ksol: 0.379225 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å20 Å2-1 Å2
2---1 Å20 Å2
3---1.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1085 0 0 285 1370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.22
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 254 10 %
Rwork0.302 2276 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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