PDB-1ym7: G Protein-Coupled Receptor Kinase 2 (GRK2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ym7

タイトル

G Protein-Coupled Receptor Kinase 2 (GRK2)

要素

Beta-adrenergic receptor kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / G protein / kinase / GPCR / GRK2 / Beta-ARK1

機能・相同性

機能・相同性情報

Calmodulin induced events / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic-receptor kinase / Activation of SMO / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.5 Å

データ登録者

Lodowski, D.T. / Barnhill, J.F. / Pyskadlo, R.M. / Ghirlando, R. / Sterne-Marr, R. / Tesmer, J.J.G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: The role of Gbetagamma and domain interfaces in the activation of G protein-coupled receptor kinase 2
著者: Lodowski, D.T. / Barnhill, J.F. / Pyskadlo, R.M. / Ghirlando, R. / Sterne-Marr, R. / Tesmer, J.J.G.

履歴

登録	2005年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ym7.cif.gz	426.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ym7.ent.gz	343 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ym7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/1ym7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/1ym7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1omwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3uzt-d 3i8x-d 1mv8-2 3eqx-d 2gai-2 2qb8-d 1x7y-d 1v1m-d 6n4o-d 1mfz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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類似性 (3)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
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#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (3)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (3)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-adrenergic receptor kinase 1

B: Beta-adrenergic receptor kinase 1

C: Beta-adrenergic receptor kinase 1

D: Beta-adrenergic receptor kinase 1

319 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-adrenergic receptor kinase 1

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-adrenergic receptor kinase 1

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-adrenergic receptor kinase 1

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-adrenergic receptor kinase 1

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	115.162, 82.156, 218.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.57, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	ILE	ILE	A	A	29 - 184	29 - 184
2	2	1	SER	SER	ILE	ILE	B	B	29 - 184	29 - 184
3	3	1	SER	SER	ILE	ILE	C	C	29 - 184	29 - 184
4	4	1	SER	SER	ILE	ILE	D	D	29 - 184	29 - 184
1	5	2	HIS	HIS	GLY	GLY	A	A	185 - 475	185 - 475
2	6	2	HIS	HIS	GLY	GLY	B	B	185 - 475	185 - 475
3	7	2	HIS	HIS	GLY	GLY	C	C	185 - 475	185 - 475
4	8	2	HIS	HIS	GLY	GLY	D	D	185 - 475	185 - 475
1	9	3	LYS	LYS	THR	THR	A	A	494 - 512	494 - 512
2	10	3	LYS	LYS	THR	THR	B	B	494 - 512	494 - 512
3	11	3	LYS	LYS	THR	THR	C	C	494 - 512	494 - 512
4	12	3	LYS	LYS	THR	THR	D	D	494 - 512	494 - 512
1	13	4	ILE	ILE	GLU	GLU	A	A	513 - 537	513 - 537
2	14	4	ILE	ILE	GLU	GLU	B	B	513 - 537	513 - 537
3	15	4	ILE	ILE	GLU	GLU	C	C	513 - 537	513 - 537
4	16	4	ILE	ILE	GLU	GLU	D	D	513 - 537	513 - 537
1	17	5	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	538 - 555	538 - 555
2	18	5	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	538 - 555	538 - 555
1	19	6	GLY	GLY	GLN	GLN	A	A	556 - 656	556 - 656
2	20	6	GLY	GLY	GLN	GLN	B	B	556 - 656	556 - 656
3	21	6	GLY	GLY	GLN	GLN	C	C	556 - 656	556 - 656
4	22	6	GLY	GLY	GLN	GLN	D	D	556 - 656	556 - 656

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Beta-adrenergic receptor kinase 1 / Beta-ARK-1 / G- protein coupled receptor kinase 2 分子量: 79749.922 Da / 分子数: 4 / 変異: S670A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ADRBK1, GRK2 / 細胞株 (発現宿主): sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P21146, EC: 2.7.1.126

#1: タンパク質

Beta-adrenergic receptor kinase 1 / Beta-ARK-1 / G- protein coupled receptor kinase 2

分子量: 79749.922 Da / 分子数: 4 / 変異: S670A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ADRBK1, GRK2 / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21146, EC: 2.7.1.126

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: HEPES, phosphoserine, sodium Chloride, Glycerol, PEG 8000, Urea, Dithiothreitol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月25日
放射	モノクロメーター: 100 micron collimator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.5→20 Å / Num. all: 24354 / Num. obs: 24246 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.42 % / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 4.5→4.66 Å / 冗長度: 3.35 % / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique all: 2406 / R_sym value: 0.45 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OMW

1omw

解像度: 4.5→14.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 218.079 / SU ML: 1.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS WERE ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT UTILIZED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27868	1197	5 %	RANDOM
R_work	0.22358	-	-	-
all	0.22638	22730	-	-
obs	0.22638	22700	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.45 Å²	0 Å²	1.9 Å²
2-	-	-2.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.5→14.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19846	0	0	0	19846

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	20365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.881	1.967	27358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.329	5	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.208	23.73	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	24.176	15	3879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.854	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	2882
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	15328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.294	0.2	8477
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.329	0.2	12726
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	763
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.36	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	1.5	12643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	2	19491
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0	3	8993
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0	4.5	7867

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1316	tight positional	0.08	0.05
1	2	B	1316	tight positional	0.07	0.05
1	3	C	1316	tight positional	0.08	0.05
1	4	D	1316	tight positional	0.06	0.05
2	1	A	2321	tight positional	0.06	0.05
2	2	B	2321	tight positional	0.07	0.05
2	3	C	2321	tight positional	0.07	0.05
2	4	D	2321	tight positional	0.06	0.05
3	1	A	158	tight positional	0.06	0.05
3	2	B	158	tight positional	0.06	0.05
3	3	C	158	tight positional	0.06	0.05
3	4	D	158	tight positional	0.06	0.05
4	1	A	209	tight positional	0.07	0.05
4	2	B	209	tight positional	0.06	0.05
4	3	C	209	tight positional	0.06	0.05
4	4	D	209	tight positional	0.06	0.05
5	1	A	149	tight positional	0.07	0.05
6	1	A	822	tight positional	0.06	0.05
6	2	B	822	tight positional	0.05	0.05
6	3	C	822	tight positional	0.05	0.05
6	4	D	822	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	1316	tight thermal	0	0.5
1	2	B	1316	tight thermal	0	0.5
1	3	C	1316	tight thermal	0	0.5
1	4	D	1316	tight thermal	0	0.5
2	1	A	2321	tight thermal	0	0.5
2	2	B	2321	tight thermal	0	0.5
2	3	C	2321	tight thermal	0	0.5
2	4	D	2321	tight thermal	0	0.5
3	1	A	158	tight thermal	0	0.5
3	2	B	158	tight thermal	0	0.5
3	3	C	158	tight thermal	0	0.5
3	4	D	158	tight thermal	0	0.5
4	1	A	209	tight thermal	0	0.5
4	2	B	209	tight thermal	0	0.5
4	3	C	209	tight thermal	0	0.5
4	4	D	209	tight thermal	0	0.5
5	1	A	149	tight thermal	0	0.5
6	1	A	822	tight thermal	0	0.5
6	2	B	822	tight thermal	0	0.5
6	3	C	822	tight thermal	0	0.5
6	4	D	822	tight thermal	0	0.5

LS精密化シェル

解像度: 4.5→4.606 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.481	70	-
R_work	0.423	1580	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1018	-1.8488	0.1124	8.6158	2.1886	5.5113	-0.2562	0.1963	-0.8706	0.1936	0.3608	0.7418	0.4945	-0.5679	-0.1046	-0.6921	-0.1406	-0.5256	-0.275	-0.1457	-0.6217	83.003	-48.028	15.527
2	6.2796	-3.1751	-1.2945	9.6781	0.1138	6.4703	-0.1829	0.636	1.0591	0.0861	0.5639	-0.1503	-0.7826	0.1669	-0.381	-1.1342	0.0653	-0.0755	-0.6552	0.2137	-0.7887	31.482	16.066	15.28
3	4.7244	-1.3973	-1.9037	7.1287	5.1039	15.7825	-0.4504	-0.069	-0.2355	0.4753	-0.6787	-0.8193	1.5216	0.3754	1.1291	-1.1185	0.0283	-0.3167	-0.137	0.1235	-0.5216	146.46	-73.444	76.593
4	5.5463	0.5467	0.0995	3.9838	-3.4398	7.9426	0.1305	1.0574	0.55	-1.4078	-0.3198	0.5988	-0.4385	-0.3973	0.1893	0.391	0.1217	0.2234	-0.1758	-0.0432	0.5086	-43.421	27.554	63.683
5	6.9346	-5.8127	5.073	8.3575	-4.3134	6.8616	-0.2029	-0.3767	0.0757	0.3614	0.2289	-0.4877	-0.9037	0.692	-0.0261	-0.6166	0.2581	-0.5017	-0.4556	-0.1605	-0.6995	95.036	-26.476	40.85
6	11.4313	-2.2184	-6.6324	5.3928	1.4657	7.6644	0.2932	-0.5253	0.1749	0.1658	-0.133	1.1625	1.0466	-0.3773	-0.1603	-0.749	0.0493	0.3005	-0.8941	0.1382	-0.4072	18.356	-7.614	39.092
7	2.1379	-1.2061	5.4951	3.3642	-1.0056	15.7591	-0.1645	-0.1123	0.5162	0.2159	-0.1202	0.5037	-0.7747	-0.8115	0.2847	-0.901	0.0609	-0.6326	0.2284	-0.1982	-0.3213	122.606	-46.211	79.391
8	7.0425	-2.8065	-7.8684	3.8072	1.7593	9.4956	-0.0205	-0.7267	0.2348	0.541	0.3274	-1.0095	-0.0439	0.6048	-0.3069	-0.7867	-0.1061	0.5008	-0.113	-0.2289	0.6977	-17.676	5.488	73.415
9	10.0297	1.9493	-0.8673	8.6306	2.0878	9.1103	0.2553	0.2584	1.9445	0.0192	-0.3113	0.8581	-2.3707	0.0481	0.056	0.1564	0.671	-0.4052	-0.3888	0.1486	0.3964	68.889	-2.486	33.925
10	10.5091	2.9548	3.8725	6.3915	3.5969	3.7962	0.858	0.1825	-2.5115	0.5056	-0.3952	-1.2336	2.0443	0.239	-0.4629	0.3121	0.9789	-0.018	-0.3027	0.2747	0.5233	46.644	-29.293	33.209
11	13.5811	1.0967	-2.3418	6.2166	-2.919	8.2433	0.1087	-1.5028	1.1718	0.9144	0.4754	0.6271	-1.1859	-0.0304	-0.5841	0.2384	0.0026	-0.6382	0.1827	-0.4738	-0.3455	136.503	-38.587	111.95
12	6.8992	1.192	-1.9905	0.4434	-0.5305	5.3782	0.4061	-1.3891	-0.7439	1.5941	-0.181	-0.3091	0.7576	-0.1101	-0.2251	0.783	0.0135	0.4953	0.5741	0.3042	0.8032	-36.702	-6.431	101.792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	185 - 513	185 - 513
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	185 - 513	185 - 513
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	185 - 513	185 - 513
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	185 - 513	185 - 513
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	29 - 184	29 - 184
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	514 - 538	514 - 538
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	29 - 184	29 - 184
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	514 - 538	514 - 538
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	29 - 184	29 - 184
10	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	514 - 538	514 - 538
11	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	29 - 184	29 - 184
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	514 - 538	514 - 538
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	539 - 656	539 - 656
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	539 - 656	539 - 656
15	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	539 - 656	539 - 656
16	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	539 - 656	539 - 656

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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