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- PDB-1yki: The structure of E. coli nitroreductase bound with the antibiotic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yki
タイトルThe structure of E. coli nitroreductase bound with the antibiotic nitrofurazone
要素Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dihydropteridine reductase / 2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 6,7-dihydropteridine reductase activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / 酸化還元酵素 / FMN binding / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / : / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NITROFURAZONE / Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Race, P.R. / Lovering, A.L. / Green, R.M. / Ossor, A. / White, S.A. / Searle, P.F. / Wrighton, C.J. / Hyde, E.I.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural and mechanistic studies of Escherichia coli nitroreductase with the antibiotic nitrofurazone. Reversed binding orientations in different redox states of the enzyme.
著者: Race, P.R. / Lovering, A.L. / Green, R.M. / Ossor, A. / White, S.A. / Searle, P.F. / Wrighton, C.J. / Hyde, E.I.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The Structure of Escherichia coli Nitroreductase Complexed with Nicotinic Acid: Three Crystal Forms at 1.7 A, 1.8 A and 2.4 A Resolution
著者: Lovering, A.L. / Hyde, E.I. / Searle, P.F. / White, S.A.
履歴
登録2005年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN LIGANDS 1218-1219 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A LIGANDS 2218-2219 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN ...HETEROGEN LIGANDS 1218-1219 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A LIGANDS 2218-2219 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN B LIGANDS 3218-3219 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN C LIGANDS 4218-4220 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN D

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
B: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
C: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
D: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,79316
ポリマ－95,7494
非ポリマー3,04412
水16,250902
1
A: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
B: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2617
ポリマ－47,8742
非ポリマー1,3875
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
2
C: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
D: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5329
ポリマ－47,8742
非ポリマー1,6577
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10590 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.078, 56.466, 116.085
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase / FMN-dependent nitroreductase / Dihydropteridine reductase


分子量: 23937.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nfnB, dprA, nfsB, nfsI, ntr / プラスミド: pET11C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P38489, 6,7-dihydropteridine reductase

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非ポリマー , 5種, 914分子

#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-NFZ / NITROFURAZONE / 5-NITRO-2-FURALDEHYDE SEMICARBAZONE


分子量: 198.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N4O4 / コメント: 抗生剤, 抗菌剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 902 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG4000, ethylene glycol, nicotinic acid, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 97110 / Num. obs: 97110 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 14083 / Rsym value: 0.118 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1ICU

1icu


解像度: 1.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.44 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16685 4855 5 %RANDOM
Rwork0.14373 ---
obs0.1449 92255 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20.04 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6724 0 205 902 7831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0217073
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2661.9769594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.804314644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3635862
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2420.27428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.23839
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2679
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4861.54323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91826939
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59732750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6044.52655
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.2 368
Rwork0.165 6766

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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