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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yjj | ||||||
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タイトル | RDC-refined Solution NMR structure of oxidized putidaredoxin | ||||||
![]() | Putidaredoxin | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / ferredoxin / [2Fe-2S] / redox / iron-sulfur / electron transfer / cytochrome P450cam | ||||||
機能・相同性 | ![]() P450-containing electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Jain, N.U. / Tjioe, E. / Savidor, A. / Boulie, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Redox-dependent structural differences in putidaredoxin derived from homologous structure refinement via residual dipolar couplings. 著者: Jain, N.U. / Tjioe, E. / Savidor, A. / Boulie, J. #1: ![]() タイトル: A refined model for the solution structure of oxidized putidaredoxin 著者: Pochapsky, T.C. / Jain, N.U. / Kuti, M. / Lyons, T.A. / Heymont, J. #2: ![]() タイトル: New aspects of electron transfer revealed by the crystal structure of a truncated bovine adrenodoxin, ADX(4-108) 著者: MULLER, A. / MULLER, J.J. / MULLER, Y.A. / UHLMANN, H. / BERNHARDT, R. / HEINEMANN, U. #3: ![]() タイトル: An NMR-derived model for the solution structure of oxidized putidaredoxin, a 2Fe-2S Ferredoxin from pseudomonas 著者: POCHAPSKY, T.C. / YE, X.M. / RATNASWAMY, G. / LYONS, T.A. #4: ![]() タイトル: Crystal structure of putidaredoxin, the [2Fe-2S] component of the P450cam monooxygenase system from Pseudomonas putida 著者: Sevrioukova, I.F. / Garcia, C. / Li, H. / Bhaskar, B. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 463.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 384.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 363.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 479.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11428.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FES / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structures were refined against 15N-1H RDC restraints using previously published NOE and dihedral angle restraints for Pdx. The restraints for the metal binding loop (residues 36-48,85-86) ...Text: The structures were refined against 15N-1H RDC restraints using previously published NOE and dihedral angle restraints for Pdx. The restraints for the metal binding loop (residues 36-48,85-86) were modeled from bovine adrenodoxin crystal structure. |
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試料調製
詳細 | 内容: 1 mM oxidized putidaredoxin 15N; 50 mM Tris-Cl buffer, 50 mM KCl, pH 7.4 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 50 mM KCl / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software | 名称: ![]() |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on 1239 NOE restriants, 160 dihedral angle restraints and 155 RDC restraints, 28 paramagnetic distance restraints from relaxation measurements and 18 distance ...詳細: The structures are based on 1239 NOE restriants, 160 dihedral angle restraints and 155 RDC restraints, 28 paramagnetic distance restraints from relaxation measurements and 18 distance restriants from hydrogen bonds |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |